公元1195年，光宗内禅，宁宗赵扩继位。朱熹得到宰相赵汝愚的密报，抢在宁宗登基大赦令来到之前，在潭州杀了十八个农民起义军的重要成员。朱熹与农民起义军势不两立的态度，可见一斑。

是年八月，经赵汝愚推荐，任朱熹为焕章阁侍制兼侍讲。初见宁宗，便上《行宫便殿奏札》。他大讲“君臣父子，定位不易，事之常也；君令臣行，父传子继，遭之经也”和“为学之道，莫先于穷理”等“大伦”、“大本”的封建伦理道德。他任侍讲后，除单日外，每逢双日，早晚进宫两次，向皇帝宣讲《大学》。朱熹进讲的基本精神是“为君者不知君之道，为臣者不知臣之道，为父者不知父之道。为子者不知子之道，所以天下之治日常少，而乱日常多，皆由此学不讲之故也。”故朱熹对皇上说，寻天下之治，就是要明“君道”、“臣道”、“父道”……舍此而他求，就错了。

朱熹借向皇帝进讲的机会，面陈四事：

第一，停止修葺东宫的劳役，以慰流离失所的难民。

第二，皇上应下诏自责，以减省舆卫。

第三，整肃纪纲，以尊严朝廷。为此，近习不得干预朝政，大臣不得专任己私。

第四，寿皇之遗体，只可安于内，这样，则宗社生灵，皆蒙福于外。

此外，朱熹还在宁宗面前斥责大臣韩佗胄。

这些举动引起了宁宗的不满，认为朱熹是越俎代庖，干预朝廷事务。是年十月，宁宗免去朱熹侍讲职位。赵汝愚上书竭力固谏，要求留用朱熹，宁宗不听。此外，中书舍人陈傅良、起居郎刘光祖、起居舍人邓驿、御史吴猎、吏部侍郎孙逢吉等，也都交章留熹，但宁宗仍不准。工部侍郎黄艾后问宁宗，为什么逐朱熹，宁宗说：“朱熹对朝廷之事，事事干预，而朱熹所言，多不可用。”这样，朱熹被罢出朝。是年十一月，朱熹回到了福建考亭。十二月建“竹林精舍”，又更名为“沧州精舍。”

公元1195年，赵汝愚以“同姓居相位，将不利于社稷”为由，被罢出朝。韩侘胄以拥立宁宗有决策之功而掌握大权。随着韩侘胄的掌权，一场反朱子学（理学）的斗争便开始了。

公元1196年2月，叶翥上书请求把理学家的书“除毁”，科举取士，凡“稍涉经训者，悉见排黜，文章议论，根于理义者，并行除毁。”并将朱子学斥为“伪学之魁”。监察御史沈继祖指控朱熹有十大罪状：

（1）不给母亲吃好米，不孝其亲；

（2）不敬于君；

（3）不忠于国；

（4）以辞职名义玩侮朝廷；

（5）赵汝愚死时，朱熹率其徒百余人，哭之于野；(www.daowen.com)

（6）信妖人蔡元定邪说，有害于风教；

（7）诱引两个尼姑以为宠妾；

（8）冢妇不夫而自孕，诸子盗牛而宰杀，却说这样能齐家；

（9）为官时在漳州妄行经界，在浙东多发赈粮；

（10）据范染祖业之山，以广其居而反加罪于其身，发掘崇安弓手父母之坟，以葬其母等。

是年，朝廷将朱子学（理学）更名为“伪学”，规定《六经》《语》《孟》《中庸》《大学》等书为禁书，降朱熹二官，即秘阁修撰和提举南京鸿庆宫，并决定“伪学之党”（朱熹弟子等）不准在朝廷做官，甚至有人上书要求斩朱熹以绝“伪学”。

公元1198年，朝廷下诏要理学伪邪之徒“改视回听”，如再“遂非不悔”，“必罚无赦”。并订立《伪学逆党籍》，于是“伪学”便成了“逆党”，计有宰执四人，侍制以上十三人，余官三十一人，武臣三人，士人八人，共五十九人。使得朱熹的门人故交，过其门而不敢入，甚至使他的弟子更名他师，变易衣冠，狎游市肆，以自别其非党。一时间，“士之绳趋尺步，稍以儒名者，无所容其身。”儒者不敢以儒自命。

然而，面对此情此景，朱熹坦然自若，一笑了之，或日与诸生讲学不休，或终日伏案疾书，临死前，尚在桌前修改《大学·诚意章》。朱熹死后，他的学生们想给“伪师”送葬，但也受到歧视和限制。朱熹死时，朱子学还处于被排斥、受打击、遭禁止的地位。

朱熹死时七十一岁，历仕高宗、孝宗、光宗、宁宗四朝，立朝仅四十六日，为官十年。其余四十年时间都从事讲学和著作。在政事方面，朱熹设崇安“设仓”、主漳州“经界”、弹浙东豪右、解南康饥荒，显示了他的管理才干；在学术方面，朱熹虽被诏免侍讲，但他一生仍讲论、著述、编辑、撰注不已，直至风烛残年遭庆元党禁之际，仍编纂《礼书》、集注《楚辞》，学业辉煌，终开一代理学宗风；在教育方面，朱熹随政兴学，建“武夷精舍”、办“岳麓书院”、创“紫阳书院”、复开“白鹿书院”，引“诸九儒云从星拱，风流相继”，使其门人弟子遍布天下，得“朱夫子”之美称。

在朱熹死后九年，宁宗于嘉定二年（1209）便诏赐朱熹遗表恩泽，“谥曰文”，称“朱文公”。过了一年，又追赠朱熹为中大夫，宝谟阁学士。嘉定五年（1212），《论语集注》和《孟子集注》被列入官学，作为法定教科书。这样，宁宗就完全否定了他在公元1196年禁止朱子学的诏令，终于认识到朱熹思想是维护南宋统治者利益的。

此后，朱熹思想便越来越受到统治者的重视。理宗赵昀在宝庆三年（1227）下诏：

朕观朱熹集注《大学》《论语》《孟子》《中庸》，发挥圣贤蕴奥，有补治道。朕方励志讲学，缅怀典刑，深用叹慕。可特赠熹太师，追封信国公。”理宗追念朱熹“恨不与之同时也”。又于淳祐元年（1241）再次下诏：

朕惟孔子之道，自孟轲后不得其传，至我朝周敦颐、张载、程颢、程颐，真见实践，深探圣域，千载绝学，始有指归。中兴以来，又得朱熹，精思明辨，折中融会，使《大学》《论》《孟》《中庸》之书，本末洞彻。孔子之道，益以大明于世。朕每观五臣论著，启沃良多。今视学有日，其令学官列诸从祀，从副朕崇奖儒先之意。

理宗手诏朱熹从祀孔子庙。彻底恢复了朱熹的声誉。以后，朱熹的思想和学说继往开来，作为元、明、清三朝官方思想体系在漫长的历史中，显示了它对中国封建社会后期具有的价值和影响。