公元1162年，宋高宗赵构在朝野一片反对和议、主张抗金声中退位。孝宗赵昚继位后，支持抗金，并诏求直言。于是，主张“以战复仇”、认为“讲和”是叛逆“天理”的朱熹，以监潭州南岳庙的臣职向赵昚上《封事》。在《封事》中他提出了三个方面的建议：

第一，“帝王之学不可以不熟讲也。”所谓“帝王之学”，就是古代贤明君主之学。他要孝宗皇帝从“正心诚意”做起，即捐去旧习无用浮华之文，攘斥似是而非邪诡之说，遍访真儒，置诸左右，以备顾问。这样，才能治国平天下。

第二，“修攘之计不可以不早定也”。所谓“修攘之计”，就是“修政事，攘夷狄”。他明确指出，我们和金人有不共戴天之仇，抗金则“义理”明，而讲和，则有百害而无一利也。朱熹反对和议，主张抗金。

第三，“本原之地不可以不加意也”。他认为“四海之利病”，系于“斯民之戚休”；“斯民之戚休”系于“守令之贤否”，然而“监司者守令之纲也，朝廷者监司之本也”。对于“肆虐以病民”的官吏，即使是宰执召谏的“亲旧宾客”，也应该斥而去之。因而提出“正朝廷”、“立纪纲”、“厉风俗”、“选守令”的主张。如此，才能国富民强，才能抗击金兵。

在这部《封事》中，朱熹数说和议之害，复仇之利，反和主战态度十分鲜明。

公元1167年秋，福建崇安发生大水灾，朝廷命朱熹视察水灾，并与县官议论“赈恤”之事。他遍访崇安各山谷，十日而返。经这次视察，不仅有“今时肉食者，漠然无意于民，直是难与图事”之感，而且有“若此学不明，天下事决无可为之理”之叹。由于水灾严重，粮食无收，因而到次年青黄不接的春夏之交，崇安发生大饥荒，随之爆发饥民起义，人情大震。朱熹劝说豪民发藏粟，以赈济下民。后又请朝廷以“粟六百斛”赈济饥民，使矛盾得以缓和。由此，朱熹得到一条教训：不能竭泽而渔，否则便会激起民变。因而他主张“设社仓”，以解决农民青黄不接时粮食困难的问题。朱熹认为设立“社仓”有许多好处。既可在新陈未接之时，向“社仓”贷谷，取息什二，而可不向“豪民”高利贷谷；又可在收成不好时，出息减半；如大饥，则可全免。对于无劳力的鳏寡，则可免除利息。其中最大的好处是可杜塞发生祸乱，即农民起义的根源。因为“盗贼”窃发的端始，往往是由于饥饿。因此，他以“社仓”为近古救弊补病的“良法”。公元1171年，朱熹又在五夫里创立“五夫利仓”，后又在福建建阳和浙江金华等地进行推广。并且，他还把“社仓”法与王安石的“青苗法”加以比较，认为“社仓”法比“青苗法”还优越。

公元1189年2月，孝宗内禅，光宗赵惇即位，朱熹知福建漳州。在漳州期间，他做的主要工作是主张行“经界”，即对土地进行核实田亩、画图造册、以田交税。朱熹看到广大贫苦农民的土地虽被官僚地主兼并了去，但产量和税额并没有划归官僚地主，“业去户存”。因而，出现了贫者要缴“无业之税”，而官僚地主却“有业而无税”，这不仅使贫苦农民生活更加痛苦，而且国家也有坐失常赋而造成岁计不足的弊病。朱熹为了纠正这种“田税不均”的现象，而主张“正版籍”、核实田亩；“随亩均户”，均田税。这无疑是对豪家大姓不利，而有利于政府、“细民”的改革措施。

这一时期，朱熹出于民族主义，积极主战反和，复仇雪耻。他又基于对南宋社会弊病的认识，提出了设“社仓”、主“经界”的改革措施，企图补救时弊。但由于官僚大地主的反对而没有付诸实行。

除以上政绩外，在哲学思想方面，朱熹在这一时期完成了建构理学哲学体系的大任。(www.daowen.com)

公元1168年，朱熹完成了《二程遗书》的选编，通过此书，他宣扬理学家鼓吹的“存天理，灭人欲”的伦理道德说教。

公元1175年夏，被称为“东南三贤”之一的吕祖谦（1137——1181）从浙江东阳到福建崇安朱熹的“寒泉精舍”，留住十余年，相与读周敦颐、二程和张载的书，并商讨编辑《近思录》的指导思想，作为理学入门的教科书。当朱熹送吕祖谦回浙江途经江西上饶鹅湖时，吕便邀陆九龄、陆九渊来会，按照吕祖谦的本来意思，是想调和朱、陆为学之方的分歧。但讨论的结果是明确了他们之间的分歧。朱熹从“理”本论出发，主张“即物穷理”，而被陆九渊讥为“支离事业”；陆九渊则从“心”本论出发，主张“发明本心”，而自称为“易简工夫”，结果不欢而散。此后，人们称朱学为“理学”学派，陆学为“心学”学派。

公元1177年，作为集理学之大成的朱熹代表作——《论语集注》《孟子集注》编成。他首先编成《论语集义》和《孟子集义》，然后按理学的观点取其“精粹”为《集注》，又把为什么这样取舍的道理或给学生的问答编为《论语或问》和《孟子或问》。同时，还完成了《周易本义》和《诗集传》的编写。其中，《论语集注》和《孟子集注》的编成，标志着朱熹理学哲学体系的建立。

公元1178年，由于史浩的推荐，朱熹被任命为“知南康军”（今江西星子县）。在南康军任职期间，他在庐山唐代文人李渤隐居的地方，建立“白鹿洞书院”。在《白鹿洞书院学规》中，他把“父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信”作为“五教之目”；把“博学之、审问之、慎思之、明辨之、笃行之”作为“为学之序”；并以“言忠信、行笃敬、惩忿室欲、迁善改过”为“修身之要”；“正其义不谋其利，明其道不计其功”为“处事之要”；“己所不欲，勿施于人，行有不得，反求诸已”为“接物之要。”由此，“白鹿洞书院”成为全国著名的四大书院之一，而其《学规》也成为各书院的楷模。朱熹在“白鹿洞书院”中积极宣讲他的理学思想，培养了一批学生，也形成了自己的学派。

公元1189年，朱熹在漳州任职时，首次刊刻四经即《书》《易（本义）》《诗（集传）》《春秋》以及四子书即《论语（集注）》《孟子（集注）》《大学（章句）》《中庸（章句）》，宣扬他的理本论哲学思想。

公元1195年，朱熹以六十五岁高龄，在湖南创办“岳麓书院”，讲学授徒，传播理学。《朱子年谱》记载说：

先生（指朱熹）穷日之力，治郡事甚劳，夜则与诸生讲论，随问而答，略无倦色。多训以切己务实，毋厌卑近，而慕高远，恳恻至到，闻者感动。

除办“岳麓书院”外，朱熹还修建了“武夷精舍”，创立了“紫阳书院”等。通过这些书院，朱熹培养了许多学生，向大江南北传播他的理学思想，形成了自己独立的学派——朱子学。