对于农村生态环境的治理，存在着如下这些难点。

一是排查难度大。农业生产存在排放主体更分散、随机性较强、监测难度较高的特点，基层环保部门难以建立完整的监控方案。很多关于环境保护的法律法规，往往更加适用于城市地区或工业集中区，对于分散的农村环境相关规定无法有效得到贯彻，基层力进行监督与排查的难度较大。

二是现有模式不适应农村地区。农村污染问题与城市污染问题有着本质的不同，无论规模、技术上都有较大差距。尤其对于中小乡镇企业，往往经营成本较大，经济效益有限，对于购买先进设备带有一定抵制心理，造成基层环保部门的工作难以推进。

三是人手不足，监测设备不足。农村地区的基层环保部门负责的区域范围更为广阔，还带有地形较为复杂的客观因素，这给基层工作人员的工作带来了极大困难，往往一个人需要负责多个村子，人手不足的问题明显。同时，相关检测设备不足，也大大制约了对于环境的监控和管理。(www.daowen.com)

2014年2月24日，搜狐网：

农村地区环境污染缺少有效监管，环保链条断裂在“最后一公里”。据了解，辽宁省74个涉农县区，大部分乡村都没有专职的环境监管工作人员。以建昌县为例，建昌县环保局共有工作人员42人，全县国土面积3 200平方公里，农村环境整治主要由环保局下属监察局负责。监察局共有11人，一台执法车辆。“28个乡镇，不用说日常监管，就是全部都走一遍，也得跑上半个月，基层有些环境污染问题，很难监管。”建昌县环保局局长白秀文说。采访中，大石桥、盘山、本溪等县环保局工作人员也反映，目前省内基本上只有县区一级有环保局，不像公安、工商等部门，在各乡镇都设有办事机构，环保日常监管和服务工作断在基层。

类似的问题，成为农村生态环境治理的瓶颈。只有增加农村基层环保部门的人手和相关设备，才能保障环保工作有效地展开。