从蛋白质相对分子质量的测定和SDS聚丙烯酰胺凝胶电泳的结果，可以得出蛋白质是否由多个亚基组成，若末端分析只有单一的结果，说明分子由相同亚基组成，无需进行亚基拆开、分离。相反，分子若由两种以上不同亚基组成，首先要将不同亚基之间的连接拆开，并进行分离提纯。提纯后的亚基肽链一般相对分子质量比较大，需要将大的肽链降解成小的肽段，并将肽段提纯，然后才能正式开始顺序测定工作。

（一）亚基拆离和二硫键的断裂

蛋白质由一条以上的肽链组成时，肽链间的结合可能是靠非共价键结合，也可能是靠共价键结合。在进行肽链顺序分析时，首先要将它们分离开来。

若多亚基间以非共价键连接，在温和条件下即可以拆离亚基，如改变溶液pH，将pH降低到3～4或升高到9～10；或者加入变性剂，如8 mol/L尿素或6 mol/L盐酸胍等。拆离后的亚基可以用凝胶过滤方法进行分离。靠共价键结合的因比较牢固须用特殊的化学作用使其破坏。最常见的是半胱氨酸残基经氧化作用而形成胱氨酸残基，即二硫键结构。主要方法：过甲酸氧化法与还原法。

（二）肽链的部分降解(www.daowen.com)

由于氨基酸顺序测定多数采用Edman降解法，它一次能分析肽链长度10余个氨基酸残基，所以分离得到的单链如果太长，须将长的肽链断裂成易分析的较短肽链。肽链部分降解的方法要求选择性强、裂解点少、反应率高，一般采用化学裂解和酶解法两种方法。

（三）肽段的分离提纯

肽链经部分裂解得到肽片段必须分离提纯，才能进一步测定其氨基酸顺序。先采用凝胶过滤，得到不同相对分子质量的肽片段组分，同时也脱去了样品中的盐类。然后，肽片段组分可用离子交换层析进一步提纯，也可应用双相高压纸电泳和层析相结合的方法，HPLC或FPLC具有更高的分辨率。