1.pH对整个反应体系的影响是至关重要的。SDS-PAGE不连续电泳中，制胶缓冲液使用的是Tris-HCl缓冲系统，而电泳缓冲液使用的是Tris-甘氨酸。在浓缩胶中，其pH呈弱酸性，因此甘氨酸解离很少，其在电场的作用下，泳动效率低；而Cl-离子很高，两者之间形成导电性较低的区带，蛋白分子就在二者之间泳动。由于导电性与电场强度成反比，这一区带便形成了较高的电压梯度，压着蛋白质分子聚集到一起，浓缩为一狭窄的区带。当样品进入分离胶后，pH值增加，甘氨酸大量解离，泳动速率增加，直接紧随氯离子之后，同时由于分离胶孔径的缩小，在电场的作用下，蛋白分子根据其固有的带电性和分子大小进行分离。

2.根据样品分离目的不同，主要有三种处理方法：还原SDS处理、非还原SDS处理、带有烷基化作用的还原SDS处理。

3.聚丙烯酰胺的作用：丙烯酰胺为蛋白质电泳提供载体，其凝固的好坏直接关系到电泳成功与否，与促凝剂及环境密切相关。

4.有些蛋白质由亚基（如血红蛋白）或两条以上肽链组成，它们在巯基乙醇和SDS的作用下解离成亚基或多条单肽链。因此对于这一类蛋白质，SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳法测定的只是它们的相对分子量。

5.有的蛋白质电荷异常或结构异常或带有较大辅基，不能采用该法测相对分子量。(www.daowen.com)

6.提高SDS-PAGE电泳分辨率的途径：聚丙烯酰胺的充分聚合，可提高凝胶的分辨率。凝胶在室温凝固后，在室温下放置一段时间使用。即配即用会导致凝胶凝固不充分，4℃冰箱放置可导致SDS结晶。一般凝胶可在室温下保存4天，SDS可水解聚丙烯酰胺。

7.一般常用氨基黑、考马斯亮蓝、银染色三种染料。

聚丙烯酰胺凝胶电泳具有如下优点：复性良好、分离能力好、化学性质稳定、机械性能好；操作简便、时间短、分离范围广；通过增减丙烯酰胺单体和交联剂（N，N'-亚甲基双丙烯酰胺）的浓度，可以调节凝胶的孔径大小；在酸性或碱性缓冲液中均可进行电泳、可加入两性电解质进行等电点电泳；由于染色技术的进步，可以进行定量，也可检测出极微量的斑点（琼脂糖电泳）等。