基因组DNA的提取通常用于构建基因组文库、Southern杂交（包括RFLP）及PCR分离基因等。利用基因组DNA较长的特性，可以将其与细胞器或质粒等小分子DNA分离。加入一定量的异丙醇或乙醇，基因组的大分子DNA即沉淀形成纤维状絮团漂浮其中，可用玻棒将其取出，而小分子DNA则只形成颗粒状沉淀附于壁上及底部，从而达到提取的目的。在提取过程中，染色体会发生机械断裂，产生大小不同的片段，因此分离基因组DNA时应尽量在温和的条件下操作，如尽量减少酚/氯仿抽提、混匀过程要轻缓，以保证得到较长的DNA。一般来说，构建基因组文库，初始DNA长度必须在100kb以上，否则酶切后两边都带合适末端的有效片段很少。而进行RFLP和PCR分析，DNA长度可短至50kb，在该长度以上，可保证酶切后产生RFLP片段（20kb以下），并可保证包含PCR所扩增的片段（一般2kb以下）。

不同生物（动物、微生物）的基因组DNA的提取方法有所不同；不同种类或同一种类的不同组织因其细胞结构及所含的成分不同，分离方法也有差异。在提取某种特殊组织的DNA时必须参照文献和经验建立相应的提取方法，以获得可用DNA大分子。尤其是组织中的多糖和酶类物质对随后的酶切、PCR反应等有较强的抑制作用，因此用富含这类物质的材料提取基因组DNA时，应考虑除去多糖和酶类物质。

（一）动物组织提取基因组DNA

1.材料　哺乳动物新鲜组织。

2.设备　移液管、高速冷冻离心机、台式离心机、水浴锅。

3.试剂

（1）分离缓冲液：10mmol/L Tris·Cl pH7.4，10mmol/L NaCl，25mmol/L EDTA。

（2）其他试剂：10％SDS，蛋白酶K（20mg/mL或粉剂），乙醚，酚∶氯仿∶异戊醇（25∶24∶1），无水乙醇及70％乙醇，5mol/L NaCl，3mol/L NaAc，TE。

4.操作步骤

①切取组织5g左右，剔除结缔组织，吸水纸吸干血液，剪碎放入研钵（越细越好）。

②倒入液氮，磨成粉末，加10mL分离缓冲液。

③加1mL 10％SDS，混匀，此时样品变得很黏稠。

④加50μL或1mg蛋白酶K，37℃保温1～2h，直到组织完全解体。

⑤加1mL 5mol/L NaCl，混匀，5000rpm离心数秒钟。

⑥取上清液于新离心管，用等体积酚∶氯仿∶异戊醇（25∶24∶1）抽提。待分层后，3000rpm离心5min。

⑦取上层水相至干净离心管，加2倍体积乙醚抽提（在通风情况下操作）。

⑧移去上层乙醚，保留下层水相。

⑨加1/10体积3mol/L NaAc，及2倍体积无水乙醇颠倒混合沉淀DNA。室温下静止10～20min，DNA沉淀形成白色絮状物。

⑩用玻棒钩出DNA沉淀，70％乙醇中漂洗后，在吸水纸上吸干，溶解于1mL TE中，-20℃保存。

如果DNA溶液中有不溶解颗粒，可在5000rpm短暂离心，取上清；如要除去其中的RNA，可加5μL RNaseA（10μg/μL），37℃保温30min，用酚抽提后，按步骤9～10重新沉淀DNA。

（二）血液白细胞DNA的提取

①抗凝血室温下2000g离心5～7min，去上清。(www.daowen.com)

②加5倍体积蒸馏水，混匀，室温下放置5～10min。

③3000～4000g离心10～20min，去上清。

④用等体积生理盐水洗涤白细胞沉淀，按上述方法离心获得白细胞。

⑤将所得细胞悬浮于TE缓冲液中，加SDS至终浓度0.5％，蛋白酶K至终浓度100～200μg/mL，37℃消化12h或过夜。

⑥以下按常规酚氯仿法抽提，乙醇沉淀进行。

（三）细菌基因组DNA的制备

1.材料　细菌培养物。

2.设备　移液管、高速冷冻离心机、台式离心机、水浴锅。

3.试剂

（1）CTAB/NaCl溶液：4.1g NaCl溶解于80mL H2O，缓慢加入10g CTAB，加水至100mL。

（2）其他试剂：氯仿：异戊醇（24：1），酚∶氯仿∶异戊醇（25∶24∶1），异丙醇，70％乙醇，TE，10％SDS，蛋白酶K（20mg/mL或粉剂），5mol/L NaCl。

4.操作步骤

①100mL细菌过夜培养液，5000rpm离心10min，去上清液。

②加9.5mL TE悬浮沉淀，并加0.5mL 10％SDS，50μL 20mg/mL（或1mg干粉）蛋白酶K，混匀，37℃保温1h。

③加1.5mL 5mol/L NaCl，混匀。

④加1.5mL CTAB/NaCl溶液，混匀，65℃保温20min。

⑤用等体积酚∶氯仿∶异戊醇（25∶24∶1）抽提，5000rpm离心10min，将上清液移至干净离心管。

⑥用等体积氯仿∶异戊醇（24∶1）抽提，取上清液移至干净管中。

⑦加1倍体积异丙醇，颠倒混合，室温下静止10min，沉淀DNA。

⑧用玻棒捞出DNA沉淀，70％乙醇漂洗后，吸干，溶解于1mL TE，-20℃保存。如DNA沉淀无法捞出，可5000rpm离心，使DNA沉淀。