会宁县教育经费由县财政局和教育局统一管理。2001年以前县直学校教职工工资由教育局负责审核并拨付学校，由学校发放到教师个人，乡镇学校工资由各乡镇财政所审核并发放。从2001年开始，全县教职工工资由县财政局统一审核后拨付县直学校和各乡镇教管中心并发放到教师手中。2012年7月开始，教师工资由县财政局审核后直接打入教师个人账户，避免拖欠、乱扣工资等现象。学校公用经费由县财政局分期直接拨付到相关学校或教管中心，专项资金由教育局统一管理，根据项目进度拨付。

2006年，实施农村义务教育经费保障机制改革工作后，按照《国务院关于深化农村义务教育经费保障机制改革的意见》和《甘肃省人民政府关于深化农村义务教育经费保障机制改革的意见》及省市相关文件精神，会宁县成立由县长任组长，县委、县政府分管领导任副组长，宣传、财政、教育、发改、人劳、编办、审计、监察等部门负责同志为成员的全县农村义务教育经费保障机制改革领导小组，下设副科级建制办公室，配备5名专职人员负责义务教育阶段经费保障机制改革的组织、指导和协调工作，保障义务教育经费的正常运转和资金的全面落实。制定出台《会宁县人民政府关于切实做好农村义务教育经费保障机制改革的意见》，县教育局、财政局先后制定《会宁县农村中小学公用经费管理暂行办法》和《会宁县农村义务教育阶段学生免收学杂费实施管理暂行办法》、《会宁县中小学校财务管理实施细则（试行）》、《会宁县农村义务教育阶段学校家庭经济困难寄宿生生活费补助专项资金管理暂行办法》和《会宁县农村义务教育阶段学校财务集中核算实施办法》等，积极推行财务集中核算制度，上移财务管理重心，提高财务管理水平。在义务教育经费管理方面，县教育局创新经费管理机制，工作目标实行“一把手负责制”，夯实管理责任；资金分配实行“直达制”，足额安排农村义务教育经费并拨付到每一所学校，预防截留挪用、滞留缓拨；资金运行实行“专户制”，专款专用；资金管理上实行“乡镇集中核算制”，规范财务管理，提高资金使用效益；资金监管实行“责任追究制”，对违法违纪行为严肃查处；财务人员配备实行“任命制”，全县乡（镇）教管中心的会计人员由县教育局统一考核和任命。

农村学生营养改善计划专项资金实行滚动使用，全额用于学生营养改善计划食品供给。会宁县2012年5月正式启动，选择企业供餐模式，所需学生营养食品实行政府公开招标、集中采购，其资金运行由县教育局统一核算，县财政局国库支付中心将资金直接拨付到企业账户，按月结付。

中职免学费及国家助学金专项资金，从2009年春季学期开始实行由县学生资助中心专户直接划拨学生银行卡号的措施。从2011年春季学期开始，实行受资助学生全部使用“中职学生资助卡”和中职助学金按月发放的措施，坚持“一人一卡，集中申请，本人激活”的原则，资金由学生本人支取，助学金发放确保“三单”，即：班主任、分管校长、校长的签字单，学生签领单，家长签字单。

对于高中助学金专项资金，结合实际制定出台《会宁县家庭经济困难学生资助工作实施方案》，财政、教育部门制定《会宁县普通高中国家助学金实施细则》；部分学校还结合实际制定相应的实施细则；由教育局学生资助管理中心负责，各学校实行校长负责制，成立由校长任组长，副校长、政教处负责人和各班主任为成员的助学项目领导小组，具体负责受助学生的推荐、审查和资金的发放；教育、财政、审计、监察等部门每年组织专人进行检查，强化监督，切实做到资助对象推荐的公平、公正、公开、透明，保证资金的专款专用，杜绝了助学金截留、挤占、挪用、拖延支付和抵扣学生上缴费用的现象。助学金发放由县财政局、县教育局、各高中学校统一组织实施，重点把好“四关”，即调查关，审核关，公示关、签领关。助学金由教育局申请拨付到高中学校账户后，学校组织受助学生或家长到所在学校办理签领手续。各学校建立健全助学金发放档案材料，并对助学金使用情况进行随机抽查，随时掌握受助学生学习、生活和综合表现情况。(www.daowen.com)

校舍建设类专项资金由教育局项目建设办公室具体负责，按照建设需要实行报账制，根据建设进度拨付，专款专用，封闭运行。

县教育局按照《中华人民共和国政府采购法》的规定，对教育系统所有的设备购置实行政府集中招标采购。由学校报送采购计划，教育局汇总后报政府采购中心负责招标，县监察局、审计局、公证处全程监督。教育局电教中心负责设备技术指标的制订、验收和配送等工作。所有采购款由县政府采购中心直接支付到供货商。

教育费附加专项资金，全部按规定通过县财政局直接支付到相关学校，实行专款专用，主要用于均衡发展城乡义务教育，建设中小学校舍，改善中小学和职业教育办学条件，杜绝截留、挪用、坐收坐支等现象。