制度集成创新，是海南自由贸易港政策制度体系最鲜明的特点。

方案指出，以贸易投资自由化便利化为重点，以各类生产要素跨境自由有序安全便捷流动和现代产业体系为支撑，以特殊的税收制度安排、高效的社会治理体系和完备的法治体系为保障，在明确分工和机制措施、守住不发生系统性风险底线的前提下，构建海南自由贸易港政策制度体系。

方案作出一系列制度安排——

贸易自由便利方面，在实现有效监管的前提下，建设全岛封关运作的海关监管特殊区域。对货物贸易，实行以“零关税”为基本特征的自由化便利化制度安排。对服务贸易，实行以“既准入又准营”为基本特征的自由化便利化政策举措。

投资自由便利方面，实施市场准入承诺即入制，强化产权保护，保障公平竞争。

在跨境资金流动自由便利方面，分阶段开放资本项目，有序推进海南自由贸易港与境外资金自由便利流动。(www.daowen.com)

在人员进出自由便利方面，实行更加开放的人才和停居留政策，在有效防控涉外安全风险隐患的前提下，实行更加便利的出入境管理政策。

在运输来往自由便利方面，建立更加自由开放的航运制度，推动建设西部陆海新通道国际航运枢纽和航空枢纽。

在数据安全有序流动方面，在确保数据流动安全可控的前提下，扩大数据领域开放。

根据方案，在海南自由贸易港与中华人民共和国关境外其他国家和地区之间设立“一线”，在海南自由贸易港与中华人民共和国关境内的其他地区之间设立“二线”。实行“一线”放开、“二线”管住、岛内自由。

海关将打造简化“一线申报”、突出岛内经营自由、严格“二线”监管的监管模式，先在洋浦保税港区等海关特殊监管区域试行后推广到全岛实施，建设高标准国际贸易“单一窗口”。