蒙藏教育司设立的前几年里，每年的经费预算仅有五万元，只够对少量边疆学校和文化团体略施补助，其余推进计划均因经费不足而无法进行。1935年，边疆教育费骤增为50万元，主要为补助各边地省份办理地方边教事业，尤以西部各省获益较多。1937年此项经费复增为64万元，并指定专用于增设边疆小学和社教机关、补助边疆学校和学生、训练边教师资、编译印刷教科图书等项边教事业。^[30]抗战爆发后，拨付给各省的边教经费逐渐减少，1942年、1943年完全采取由教育部统筹安排的方式。而边疆地域相当广阔，仅靠中央政府单方面的力量实难为之，再加上当时西部一些省份忙于推行“国民教育五年计划”，对边疆教育有所忽视。虽然国民教育与边疆教育有一定的联系和包容，但两者毕竟不能等同，边教事业的推进也受到了一定的影响。有鉴于此，教育部从1944年起开始采用中央直辖与地方补助并行的方式，除继续扩充各级各类部属边疆学校外，还颁布《边疆教育三年推进表》，通令各边地省份切实遵行，并将对地方补助的重点放在了各省自设边校经费和实物的拨付上面。

由于边疆地区情况特殊，生活水平和教育质量也较内地偏低，战时对边疆学校的教职员和学生的待遇方面也制定了专门的补助政策。从1942年起，国立各边疆学校的教职员除薪金按内地一般标准发给外，还可参照其学历、服务年限和教学成绩领取一定数量的边疆服务津贴。教育部复于1944年改订《边地国立各级学校教员奖助金办法》，对边疆师资的培养和稳定起到了一定的积极作用。

对边疆学校学生的优待政策，包括升学和公费两项。依据1941年公布的《边疆学生待遇办法》，“凡语言文化具有特殊性质地方之学生，均得享受保送升学、申请公费及常年补助费等之优待”。蒙藏委员会、各边省省政府和教育厅、各国立中等以上边疆学校，都可以向教育部申请保送一定名额的学生。保送升学的原则为：“一、从宽甄试，成绩及格者作为正式生；二、成绩不及格者作为特别生，俟修满一年，成绩及格者改为正式生，不及格者得由校斟酌留级一年，留级一年不及格者勒令退学；三、国文国语及其他基本科目程度较差者，设法予以补习。”未被保送的毕业生若自行报考内地学校，也可“酌予从宽录取”。^[31]至于公费待遇方面，虽然在1936年时曾经颁布《补助蒙藏回学生升学内地专科以上学校办法》，1939年又对《待遇蒙藏学生章程》进行了修订，但补助范围毕竟有限。^[32]而《边疆学生待遇办法》出台后，受惠群体扩展为边疆地区的全体学生，其在校肄业期间一律免收学费，并尽量给予公费补助，未享受公费者也可以申请常年补助费。^[33](www.daowen.com)

除上述中央统一发布的政策，大后方某些省份还自行制定了一些面向本省少数民族教育的优待措施。如云南省教育厅在1939年规定：省立边地小学教师的最低月俸为90元，服务满一年后，给予年功加俸20元，以后逐年递增，直至15年为止。这样的标准，实际上比当时昆明的省立小学教师还要高一些。同年，该省教育厅还出台了《云南省立边地土民小学学生待遇细则》，“凡省立土民边地小学及附办师训班学生，一律免收学费、宿费、体育费及图书费，供给教科书、文具、医药，并且每学年每生发制服1套、制帽1顶，学校代寄宿生及公费学生办理伙食”。“此外，还对清寒学生设立公费学额，每班15名，每名月给新滇币4元，每学年以10个月计算。”依照1941年《云南省边疆学生升学奖励办法》，少数民族学生报考省立各级学校都可降低标准，从宽录取，而且“各种免费、公费或奖励补助办法，在同等条件下可优先享受”。^[34]