早在1930年2月，国民政府教育部就设立了蒙藏教育司，但全司不仅未设专任司长，只有科长、科员及书记员各一人，而且经费也没有保障，职权范围也限于“考察边地实况，研究推进办法，间或督导地方作推进边教之准备”，既没有实际的行政效力，也没有直辖的教育机构，只能起到一定的咨询、建议和督导作用。“九一八”事变后，因边疆地区的国防建设日益受到各方面的重视，该司才开始获得专款补助。抗战爆发后的1941年，蒙藏教育司开始设专任司长，机构人员也有所扩充，下设第一、第二两科分管边疆教育经费、师资和教育法案、教材等各项事宜，全司工作人员猛增为31人，组织结构渐趋完备。1941年行政院颁布的《边地青年教育及人事行政实施纲领》中明确规定，“中央对边地青年教育，依一般教育行政系统，仍由教育部主管”，使得蒙藏教育司得以摆脱仅为提供咨询建议的从属身份，成为全国少数民族教育的主管行政机关，并将其他部门的相关学校先后收归麾下，逐步对边疆教育设施以统一管理。需要说明的是，该司在抗战期间一直沿用“蒙藏教育司”的名义，虽然在1941年就有改设“边疆教育司”的动议^[19]，却因“沿用以久，不便骤易，仍作罢论”，直到战后的1946年才取得行政院的批准而变更司名。随着中央边教行政机构的完善，西部一些省份的教育厅也遵令分别设立了相关部门，如甘肃设边疆教育科，四川、贵州、云南、宁夏等省则设边疆教育股。

战时边疆教育行政管理的加强，除表现为中央与地方专门管理机构的扩充与增设，还包括相关咨议机关的成立与督导制度的确立。1939年1月，教育部将原边疆问题讨论会改组为边疆教育委员会，颁布专门章程并在抗战期间两次修正。该会的职责是：“研究边疆教育之办理原则及各项实际问题；筹划并审议推进边疆教育各种方案；建议调整各边疆教育事业机关边教经费；指导边疆青年升学就业等项”，由多个相关组织共同派员组建，具体为教育部与蒙藏委员会各派主管人员2名，经济部、内政部、国民党中央组织部、中央政治学校、中英庚款委员会各派代表1名，并由教育部聘请熟悉边疆及边疆教育问题的专家10余名组成。抗战期间，该会先后由顾树森和陈立夫为主任委员，并设有专人负责日常事务，定期召开全体会议对边教工作的实际问题逐步加以深入的探讨。如第一届会议（1939年）着重边疆教育各种方案的审议，第二届会议（1940年）着重各种方案实施的检讨，第三届会议（1941年）着重边教政策的拟订，第四届会议（1942年）着重边疆教育与其他边疆事业的配合与联系，总计通过决议案186件，为教育部乃至国民政府相关工作的开展提供了重要的参考作用。^[20]此外，西部各省也依据1941年教育部颁发的《各边远省份边地教育委员会组织纲要》，先后设立了自己的边教咨议机关。

抗战之前，教育部虽然曾经指派专人对部分省区的边教工作加以视导，但次数有限，也没有形成常规。1940年7月，教育部颁发《边疆区域教育督导员暂行办法》，将大后方少数民族区域分为回、蒙、藏、西南四区，分别设置督导员，此项制度才真正得以逐步确立。督导员分专任与兼任两种，都是由教育部选聘和委派，具体任务为监督边教法令及计划的推行、经费的收支分配、人员的考察、教材文献的搜集整理、劝学工作的开展等。1941年7月，再行颁发《教育部边地教育特约通讯员简则》，设置边教通讯员，与督导员配合，以建立全面的督导和考核制度。1943年，行政院制定《中央派赴边地教育工作人员守则》，明确规定其工作任务为：传达国策及中央意志；遵守当地法令；督察边远区域各级教育机关的设立与停办、学校数及学生数增减、经费增减与支配、教材的选择与训练、人员动态等，进一步完善了边疆教育的督察体系。^[21](www.daowen.com)

虽然战时的边教行政管理不断得到增强，但因基础薄弱，还是存在着某些不足或缺陷。如沿用“蒙藏教育司”之名，难免给人一种不伦不类的感觉，从概念上就难以代表全国各少数民族教育。另外，按照回、蒙、藏、西南来分设督导区，标准既不统一也不科学。1945年11月，教育部再次分区设置边疆教育督导员，即依据地域重新划分为察绥、甘宁青、新疆、西藏、川康、云贵六区，1946年蒙藏教育司亦相应改制为边疆教育司，但这些都已是战后的事了。