第一阶段，自1937年抗战爆发至1938年武汉、广州失守，国民党政府迁都重庆，约一年半时间。

（1）1937年7月29日、30日，平津沦陷。平津周边高校先后南迁，相继迁至武汉、长沙周边地区，如私立朝阳学院、长沙临时大学、国立交通大学。少数高校如燕京大学、辅仁大学、协和医科大学等试图以其教会高校特殊身份继续办学。部分学校迁往西安，如国立北平大学、国立北平师范大学、国立北洋工学院等组成的西北临时大学。

（2）1937年8月13日到11月12日，淞沪会战。沪、宁、苏、杭相继沦陷。除少数高校直接迁往西南地区，如中央大学、金陵大学等，许多高校最初拟迁往上海租界寻求保护或在省内迁移，如浙江省立医药专科学校等。后因沦陷，许多高校迁往江西，如国立浙江大学、私立复旦大学、私立大夏大学，或转移到武汉、长沙一带，如国立药学专科、国立体育专科学校等。

（3）1938年10月25日武汉失陷，1938年10月下旬长沙失陷。最初迁往武汉、长沙附近地区的许多高校再次迁移，进入西南地区的贵州、昆明、重庆、成都一带，如浙江大学、西南联大等，而武汉、长沙本地区的学校除了少部分在省内辗转流亡外，如湖北省立农业专科学校、湖南省立农业专科学校等，大多迁入西南地区，如私立湘雅医学院、私立武昌艺术专科学校、私立武昌中华大学。(www.daowen.com)

第二阶段，1941年冬，太平洋战争爆发，美英对日宣战，使原来避居在美英在华租界和香港的高校停办或迁移，这一类学校以私立高校为主，大都迁往重庆。而美英在华所办教会高校，被迫停办或迁往内地，主要迁往成都和福建等地。

第三阶段，1944年4月至1945年初，豫湘桂战役爆发。国民政府军队的溃败，使日军迅速占领了豫湘桂三省的大部和粤闽鄂三省的部分地区，日军前锋还一度进逼贵阳，重庆哗然，西南震动。结果引起了广西、贵州的高校和迁移至此的高校再次迁移至重庆等地。