生态系统的生物部分，又可分为植物和动物。

1.植被覆盖度

植被覆盖分析通常采用植被覆盖率和覆盖度指标。植被覆盖率指林、草地类面积占总评估面积的百分比，是反映植被绿化水平的重要指标；植被覆盖度则指在一定面积上植被垂直投影面积占总面积的百分比，总体反映植被平面生长态势。为了反映区域植被健康水平，参照《生态环境状况评价技术规范》，结合研究区植被类型情况，可将植被覆盖度分为极低覆盖度（小于 15%）、低覆盖度（15%～30%）、中低覆盖度（30%～50%）、中覆盖度（50%～80%）和高覆盖度（大于等于80%）五个植被覆盖度等级。

2.植被净初级生产力

植被净初级生产力（Net Primary Productivity，NPP）是绿色植物在单位时间、单位面积上经光合作用产生的有机物总量与自养呼吸消耗量之差。NPP不仅是反映植物自身活动的重要因素，也是评定生态系统碳源、碳汇效应的主要因子。NPP是在环境因素和植物生理特性共同作用下的净光合生产量，是研究陆地生态系统碳循环过程必不可少的一项内容。

3.物种丰富度指数

物种丰富度指数反映物种丰富程度，是度量物种多样性高低的最基本指标，既是群落内物种数量的特征，也是最为简单的多样性测度方法，它采用Margalef丰富度指数表示。

Margalef丰富度指数：

式中，S为群落中物种总数；N为所有物种个体数。(www.daowen.com)

物种丰富度指标适用于植物与动物。

4.生物量

植被的生物量是指一定地段面积内植物群落在某一时期生存着的活有机物质量，以t/hm2表示。群落类型不同，如森林、灌丛、灌草、农田、草地等，其测定生物量的方法也不同。

5.植被破坏率

植被破坏率是指一定区域内，由于项目永久性工程和临时性工程建设所破坏的植被面积与总植被面积的百分比。

6.珍稀保护植物、动物相关指标

珍稀保护植物一般是指列入国务院有关部门颁布的《珍稀濒危保护植物名录》、国务院批准的《国家重点保护野生植物名录》等相关规定中的植物，以及被列入当地特有物种，或古树、名木等。

珍稀保护动物是指列入《国家重点保护野生动物名录》《国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物名录》（简称《三有名录》）等相关规定的保护动物，包括兽类、鸟类、爬行类、鱼类等多种保护动物。