就在全国仍然处于纷纭扰攘之中时，传教士已经在清朝的宫廷中找到了位置。最先投下效忠书的就是传教士汤若望。

公元1644年（顺治元年），清军入关的当年，留在北京的汤若望就已经觉察到改朝换代的到来。他不失时机地将在崇祯时期制作的历法《崇祯历》献给了清朝政府，结果这个在明朝没有来得及实行的历法反而在清朝被颁行了。^[252]

汤若望也由此当上了清帝国的“天文学家”，掌管钦天监。之后汤若望屡屡升官，担任过太仆寺卿、太常寺卿，赐号通玄教师，通政使，官阶达到了正一品。

在汤若望的带领下，传教团得到了巨大的发展。由于清朝统治者在最初对外国人都较为宽容，基督教眼看就要在中国获得突破。但就在这时，第二次大的灾难到来了。

公元1664年（康熙三年），清圣祖康熙小皇帝刚刚10岁，这时的清朝正处于鳌拜等摄政大臣控制之下。一位叫作杨光先的历法学家开始攻击汤若望等人。此前已经有人攻击过外国人，但大都被他们化解了。但这一年，摄政大臣们却决定采纳杨光先的意见，将传教士驱逐出官场，让杨光先控制钦天监。^[253]

不管是中国的史书，还是外国人的记载^[254]，都尽量把这个事情说成是历法之争。比如，在这件事之前，杨光先和一个伊斯兰教徒曾经控告汤若望等人计算的能看见水星的日子不准确^[255]，但经过当天的实测，反而是伊斯兰教徒测量有误。之后，杨光先换了一个新方法：上奏说汤若望的罪过是故意用不吉利的日期来糊弄皇帝。^[256]当从天象之争转向吉不吉利这种中国特色的轨道上时，传教士就没有办法了。

恰好这时年迈的汤若望因中风而瘫痪，最严重时甚至不能说话，更不可能写字为自己辩解，于是摄政大臣们决定采纳杨光先的说法，惩罚传教士。

但这可能只是一个表面的原因，在深层次上，却是另一个隐忧让大臣们决定这样做。这个隐忧是：传教士本身的传教活动，与中央帝国的统治模式是不匹配的；中央帝国要求世界上只能有一个权威，就是皇帝，但是传教组织实际上树立了另一个权威，这个权威表面上是上帝，但在人间的代表，却是罗马的教皇和他的传教团。

杨光先在一道奏章中给传教士定了三个罪名：阴谋叛乱、宣传邪教和历法失误^[257]。其中历法失误是最不重要的一个，真正重要的却是阴谋叛乱和宣传邪教。

传教士不管怎么把自己打扮成科学家和历法学家，但骨子里的目的仍然是吸引信徒，让这些信徒摆脱帝国的思想控制，依附于遥远的罗马。在他们的努力下，基督教的信徒从明代的数百人变成了清代的数万人，这样的数量已经足以让中央政府感到紧张。

除皈依人员数量众多之外，还有另一个可怕的事情：中国人的联想能力。一旦一个思想进入中国，在经过最初的休克之后，随后发生的往往是异化，也就是产生中国式的版本。其中最著名的就是后来的洪秀全。洪秀全的太平天国借助的是一套带着基督教色彩的说辞，以基督教为外壳，塞上了土生土长的东西，将自己神化成上帝的第二个儿子。只要一个思想进入中国，必然会产生这种异化，唯一的方法，就是在异化之前就掐灭它，不让这种思想进来。

在这样的背景下，汤若望被免职，传教士们被抓起来，每人绑了九条链子，三条在脖子上，三条在胳膊上，三条在腿上，然后押入大牢。

除了北京的这些教士，在中国的其余省份，也都下令将传教士扣押。虽然每个地方执行的程度不同，但最终，从各省解来了26名外国传教士，加上京城的4名，一共30名。此外，还有7名中国人被控叛乱罪^[258]。

经过审判，汤若望和7名中国人都被判凌迟，另有5名中国人判斩首。这几乎是最严厉的刑罚，而在审判时，传教士们还以为自己是无罪的。

汤若望眼看性命不保，但一件意外却救了他的命：北京发生了一次地震。^[259]这次地震改变了汤若望的命运，他被改为流徙，其余被判凌迟的七个中国人中，两人流徙，五人斩首。

在实际执行中，最后流徙也没有执行，汤若望等人被释放了，软禁在北京。其余的外国人中，在北京被抓的都留在了北京，剩下的被送往广州经由澳门遣送回国。当他们被送到广州后，剩下的命令并没有被执行，这些人很快就能在广州自由活动了^[260]。

杨光先虽然可以把传教士告倒，但在实际的数学和天文技术上，他却无法适应，掌管钦天监不久就因为不能胜任而辞职了，于是皇帝只好再找西洋人前来掌管。这一次教案至此落幕。

在清朝的盛世时期，人们常把康乾并提，但事实上，康熙皇帝是一个有着充分好奇心的人，而他的孙子却更加自大，对外来的事物不感兴趣。

康熙皇帝亲政后，传教士们的好日子再次到来。皇帝对外国人的态度显得极其宽容，使得中国的基督教出现了大发展。首先，西方人掌管钦天监成了清代的惯例，即便在海禁最严的时候，中国人也承认在天文上是不如西方的，仍然寻找西方人担任这个职务。直到道光帝时期，才由于中国人已经能够完全胜任，理解西法，从而改由中国人掌管钦天监。^[261]

其次，康熙皇帝对于海外的事务同样有好奇心，愿意去了解世界地理和科技知识。这给了外国人一定的生存空间。(www.daowen.com)

最后，康熙皇帝对于他们的传教也采取了一定的宽容态度，使得教会的活动慢慢变得公开起来。

这一个时期是教士们弹冠相庆的时刻，他们以为苦尽甘来，再也不会出现新的波折，中国也终将接纳他们。

但是，在喜庆时他们忘记了一点：中国皇帝与教会之间始终有一个矛盾无法解决，这个矛盾只是暂时隐藏了，却不会消失。它就是：到底谁才是最后的权威？

在中国，只能是皇帝，但是在教会，必然是教皇。

耶稣会采取的方法是，利用自己的中间人身份隐藏这个矛盾：在向教皇汇报时，故意降低中国皇帝的权威，突出教皇的威仪；但在中国皇帝的宫廷内，他们只把自己当作一个官员，只有在完成了官员的职责后，才会去做一些传教工作，用对皇帝的顺从，来换取皇帝对传教工作的同意。

这种方法虽然有效，却无法让教会冲破皇权的束缚。当西方另一些新的教团来到中国时，事情就麻烦了。这些教团是后来进入的方济各会和多明我会。

在西方天主教内部，也有许多个教团存在，这些教团可以与佛教中不同的小派别做类比。这些教团虽然都遵从教皇，却也有改革和保守之分。教团中耶稣会成立最晚，在公元1534年（嘉靖十三年）才由罗耀拉建立，但从成立之初它就是保守派的代表，强调对教皇的无限忠诚，并迅速铺向世界，成了东方传教的急先锋。

除了耶稣会，成立于公元1209年（嘉定二年）的方济各会是改革性的教派，强调清贫和虔诚。成立于公元1217年（嘉定十年）的多明我会是一个保守性的教条派，对异端最不宽容。这两派在对外传播上有一个特点，就是强调信仰的纯粹性和不妥协性。

与之相反，保守派的耶稣会反而更强调与当地实际情况相结合。这两个教团看到了耶稣会在东方的成就，一方面是妒忌的，但另一方面又带着不屑，认为耶稣会对东方的原始信仰妥协太多，是变了味的信仰传播。他们不断地向教皇告状，说耶稣会采取了变通的做法，这是违背了教会的初衷。同时，这两个教团也在慢慢地渗入东方，和当地政权产生了冲突。

当双方的冲突达到高潮时，教皇决定派遣一个使团前来中国会见康熙皇帝。这个使团把教会与中国皇帝的矛盾彻底揭开了，而这个矛盾已经被耶稣会尽量隐藏了上百年。

公元1705年（康熙四十四年）4月8日，教皇使节铎罗抵达广州，12月，他见到了康熙皇帝。^[262]

铎罗带来的命令是：教皇希望在北京派驻一个教皇的常驻代表，负责督导全国的基督教事务。其中的含义是，从此以后，耶稣会等教团都只能听这个教皇代表的命令，不再听从皇帝的命令，也就是说，教皇通过这个代表控制中国的教会和基督徒。

出乎意料的是，康熙皇帝竟然答应了下来。原来，皇帝是按照自己的想法来理解这个提议。他首先认为，这个代表必须听从皇帝的指令，也就是说，皇帝可以通过这个代表控制全国的基督徒。之前，皇帝还担心中国基督徒太多，又分散在各地，帝国已经无法掌控了，而且这些教徒都不听话。如果教皇让他们必须听从这个代表的，同时皇帝又能控制这个代表的任命，自然是皆大欢喜的事情。

双方是在自说自话，却没有意识到其中的冲突。第二年皇帝又接见了铎罗，希望将事情明确下来。这一次双方再也没有误解，皇帝知道了教皇的真实想法，于是下令驱逐铎罗。

铎罗事件将在华传教士的地位彻底改变，从此以后，康熙皇帝虽然仍然宠信这些传教士，却在宠信之外额外增加了一条规定：所有在华传教的人，必须首先得到皇帝的允许，拿到证书（称为“票”）。这种证书相当于以前朝代皇帝给僧人下发的度牒。

在证书出现之前，传教士是不需要资格的，在这之后，传教变成了许可证制，“自由信仰”变成了“计划信仰”，基督教在中国发展的高峰过去了。

康熙皇帝始终没有对传教士下手，但是，到了他的儿子雍正帝时期，事情终于出现了根本性的逆转。事实上，整个中国都在雍正和乾隆时期完成了一次完美转型。政府在不知不觉之间失去了当年的开放心态和好奇心，对世界关闭了大门。这是集权模式的通病，在上台时保持了足够的进取和谦恭，一旦掌权并经过几次皇帝的轮替，新皇帝为了维稳，就不再容忍一切超出控制的事务出现。而那些新鲜事物、能够改变社会和经济的事务，都被当作不稳定因素而禁止了。

公元1724年（雍正二年），上台不久的雍正帝立刻下令禁止天主教的传播。在明朝后期，传教士还能在官员的保护下暂避风头，但在集权的清朝，已经没有了这样的空间。命令下达后，各地耶稣会的建筑都被查封，有的改做粮仓，有的成了书院、医馆、祠堂。

当年，皇帝将传教士驱逐出境，少量想办法留下的，也没有能力再发展信徒，随着他们的凋零，天主教在中国大地上近乎绝迹了。