在赠地学院蓬勃发展的同时，受德国高等教育的影响，美国诞生了另一类新型大学——研究型大学。早在1819年，哈佛大学教授乔治·提克诺（George Tieknor）就批评美国学院不符合时代要求，不从事科学研究和不开展研究生教育。1826年他担任校长后，为获得学士学位的学生开设了高一级的课程，迈出了美国研究生教育的第一步。1861年，耶鲁学院首次颁发了三个哲学博士学院。1868年康奈尔大学成立后即着手培养高层次人才，并于1872年开始授予哲学博士学位。1873年，哈佛也开始授予哲学和理学博士学位。这一时期，研究生教育的规模很小，截至南北战争时期，全美开设研究生课程的学校不足10所，研究生总数不到600人，其中获得博士学位者不足6人。

南北战争之后，美国经济迅速发展，赠地运动又促进了美国州立大学的蓬勃发展。许多留学德国的美国学生纷纷回国，同时数以百计的德国学者和著名科学家也开始移居美国，德国大学注重学术研究的传统开始影响美国。受德国大学开展科学研究和注重学术成就的影响，加之美国国内经济发展对高层次人才的需求，发展研究生教育的呼声日益高涨。于是，一种以研究生教育和科学研究为主旨的新型大学——研究型大学就应运而生了。1876年，由美国著名金融家约翰·霍普金斯（Johns Hopkins）捐赠350万美元创立的约翰·霍普金斯大学（Johns Hopkins University）是美国第一所研究型大学。

约翰·霍普金斯大学筹建于1874年，首任校长为曾留学德国的美国著名教育家丹尼尔·科伊特·吉尔曼（Daniel Coit Gilman）。在建校之初，遵照霍普金斯先生的建立一所“冲破世俗、与众不同之大学”的初衷，校董事会成员先后走访了哈佛、耶鲁、康奈尔等大学，寻求创立新型学院的良策，把握世界高等教育的方向。通过调研，他们决定创办一所“以德国模式为基础的名副其实的美国研究型大学”。在就职演说中，吉尔曼校长阐述了以知识为核心的大学办学思想，提出“最慷慨地促进一切有用知识的发展；鼓励研究；促进青年人的成长；促进那些依赖其能力而献身于科学进步的学者们的成长”。^[37]他将教师看作是大学的中心，宣布研究生教育和高一级教育是大学最重要的使命，真正的大学必须提供在教授指导下从事高级研习的机会。吉尔曼校长坚持聘用世界一流的学者来校任教，这些人都拥有德国大学的博士学位。他表示“我更喜欢把霍普金斯的钱花在人才上而不是学校的建筑方面”。约翰·霍普金斯大学从建立到十九世纪八十年代末，所培养的哲学博士总数超过了哈佛和耶鲁两校博士生的总和，在高级人才的培养方面取得了巨大成功。(www.daowen.com)

在约翰·霍普金斯大学的影响下，美国相继建立了一批开展研究生教育和科学研究的大学。如图兰大学（Tulane University，建于1884年）、克拉克大学（Clark University，建于1889年）、斯坦福大学（Stanford University，建于1891年）等。其中最具代表性的是1892年创立的芝加哥大学（Chicago University），成立7年后共授予43个哲学博士学位，成为当时全美博士学位授予最多的大学。另外，一些私立或州立大学也开始重视科学研究，发展研究生教育。这些大学后来都发展成为美国著名的研究型大学。

研究型大学的主要任务是在于：发现和整理知识，进行高深学问的研究，促进知识的实际应用，以及为学生将来的职业提供准备。著名研究型大学的创立，极大地促进了美国研究生教育的发展。截至1900年，全美研究生总数从1871年的198名发展到了5800名，开设研究生课程的学院和大学已达约150所，其中三分之一的学校还开设了博士课程。该年全美共授予博士学位382个，较1890年增加了一倍。美国形成了完整的研究生教学和科研体系。从1920—1940年，美国硕士和博士学位授予数量分别增长了5.2和4.3倍，授予硕士学位的大学从200所增加到300所，而授予博士学位的大学则由44所增加到88所。进入20世纪，美国研究生教育进一步发展，博士后教育得到了足够重视，专业硕士学位开始出现，是否拥有博士学位成为美国高校教师能否获得终身教授的基本条件之一。