现阶段我国已实施了一系列对于生态环境的补偿，如森林生态效益补偿、天然林保护、退耕还林还草、国家重点生态功能区转移支付等，其中不乏对自然保护区产生惠益的补偿内容。但总体来看，自然保护区生态补偿尚处于起步阶段，实践中还存在着许多需要改善与解决的问题。纳板河自然保护区规划和管理模式实行“三不变”原则，即区内原居民不搬迁、行政区划不变、土地权属不变，随着经济社会发展，当前出现了与现行管理要求不相适应的一些问题，给公益林保护管理造成困难，主要表现在以下几个方面:

(1)由于社区居民大量存在和实验区面积过大，人类活动频繁，同时还有5个自然村位于保护区缓冲区，同样存在人类活动的情况，造成保护区管理和社区居民的矛盾日益加大。保护区建立前，社区居民依赖于保护区内的自然资源从事生产，维持生活;狩猎、采药、放牧、采伐林木、采集薪材等是社区居民传统的生产方式与现金收入来源。保护区建立后，由于受到保护区法规限制，社区群众生产生活也相应受到限制，社区居民收入减少，且国家补偿标准偏低、获得的补偿不足;社区贫困面大、贫困程度高，扶贫攻坚任务艰巨，保护与发展的矛盾越来越突出。

(2)目前，保护区生态补偿资金主要依赖于财政投入，即中央财政专项转移支付，如天保工程森林管护补助、森林生态效益补偿资金等，市场化的资金筹措机制十分欠缺。保护区帮助社区居民开发了一定的林下经济，没有发展生态旅游，自然资源的生态价值没有在市场中得到充分体现，利益相关者的参与不足，开发利用者与消费者未能承担起相应的生态补偿责任。(www.daowen.com)

(3)土地利用类型和利用情况错综复杂，既有国有林地、国有承包地(历史形成)，还有大量的集体土地，其中既有集体林地、群众个人林地、群众农业用地、宅基地等，行政管理部门多，公益林管理难度大。

(4)保护区按照最初建立时设计的模式与方法进行管理，没有自己单独的保护区法规，目前天然林保护面临严峻的挑战。