生态补偿是为平衡开发建设造成的环境负面影响或为促进与支持自然生态保护行为而从政策与经济等方面采取的补偿措施或鼓励措施。对自然保护区的生态补偿是基于对自然保护区生态环境与自然资源价值的认识以及社会公平的理念，考虑到自然保护区及其社区在管护活动和受限制的生产生活中付出了劳动成本和机会成本，采取政策与经济等措施，以调节围绕自然保护区的利益关系，激励有利于生态保护的措施与行为，促进自然保护区的保护与发展。基于自然保护区利益相关者的利益关系与关切，对自然保护区的生态补偿主要涵盖五个方面内容，即对自然保护区社区居民损失的补偿、对生态保护机构与个人投入保护成本的补偿、对自然保护区生态效益的补偿，以及开发利用者对自然保护区自然资源开发的补偿、消费者对自然保护区自然资源利用的补偿。

(1)对社区居民损失的补偿

对自然保护区内社区居民损失的补偿，包括征地补偿、自然资源使用权的损失补偿、保护区野生动物造成人身伤害和个人财产损失补偿以及生态移民补偿等。国家对社区居民的补偿方式有资金投入、政策支持、物质投入和技术投入等。在多数情况下，保护区居民更青睐于获得补偿资金，接受其他补偿形式的意愿相对较低。但补偿是一种过渡性的经济支持形式，直接的资金投入具有阶段性，解决保护区居民生计问题的关键是引导他们转变生产生活方式，适应新的社会形势，在补偿结束后能实现生产生活自给自足，避免对政府补偿产生依赖。因此，在对自然保护区社区居民进行补偿时，在充分尊重其现实需求的同时，政策补偿需紧跟资金补偿，并辅以物质和技术上的支持，提高其自我发展的能力。

(2)对生态保护机构与个人的补偿

对自然保护区生态保护机构与个人的补偿主要包括两个方面，一个是对生态保护机构与个人在生态保护中做出的贡献进行的补助，另一个是为促进生态保护机构与个人更好地参与自然保护区生态保护建设而提供的支持。对生态保护机构与个人的补偿重点在于增强其生态保护积极性与保护能力的提升上。一方面，可以建立奖励基金，对保护机构与个人在自然保护区生态保护上的贡献提供奖励与补助;另一方面，考虑到一些环保NGO在公共政策参与上有较高的积极性与需求，可以通过政策支持，拓宽参与途径与沟通渠道，使生态保护机构有机会在公共问题的协商阶段参与活动。

(3)对自然保护区生态效益的补偿(www.daowen.com)

自然保护区生态效益补偿按生态系统类型可分为森林生态效益补偿、草原生态效益补偿、湿地生态效益补偿等;按生态系统服务功能可分为水源涵养效益补偿、固碳效益补偿、污染净化效益补偿、生物多样性存续效益补偿等。目前，对自然保护区生态效益的补偿主要依靠中央与地方财政的资金投入，这是自然保护区建设发展资金的重要来源。国家与地方政府安排资金，用于优化自然保护区的管护设施与人员队伍，实施生态建设，以加强对生物多样性的保护。

(4)开发利用者对自然资源开发的补偿

开发利用者对自然资源开发的补偿，按照所开发利用的资源类型可以分为旅游资源开发补偿、生物遗传资源开发补偿、水资源使用补偿、土地使用补偿等。参照国外实践以及我国矿产资源开发生态补偿中的措施与方法，开发利用者对自然资源开发的补偿方式有以下几种:一是缴纳承包费，由资源开发企业(组织或个人)向保护区管理机构支付获取经营权的资金，保护区管理机构再将收取的资金用于自然保护区的生态补偿;二是实行押金制，以交纳生态补偿保证金的方式对企业(组织或个人)的开发行为进行监督，敦促其在进行资源开发时根据自然保护区的保护目标，采取有益于生态保护的建设方案，并在建设与经营过程中控制与修复对生态环境的不良影响;三是按“自然资源有偿使用”原则，对自然资源的开发征收资源税。征收资源税有利于开拓财源、扩大财政收入，有利于促进资源的合理利用与保护。但是，目前我国现行资源税的征税范围偏小，只包括矿产资源和盐。将于2020年9月1日起施行的《中华人民共和国资源税法》规定，国务院根据国民经济和社会发展需要，对取用地表水或者地下水的单位和个人试点征收水资源税。

(5)消费者对自然资源利用的补偿

消费者对自然资源利用的补偿，按消费品的消费性质分为物质消费品补偿与非物质消费品补偿。物质消费品补偿主要是指消费者对消费的林副产品、药品等的相关价值补偿;非物质消费品补偿主要是消费者为进入自然保护区生态旅游而付出的补偿。消费者对物质消费品的补偿可通过其购买行为承担依附于产品的税来实现，通过对这些资源产品征税的方式，以促进资源合理利用与生态环境保护。而对进入自然保护区生态旅游的补偿可采取有偿取得许可的方式如购买门票等来实现。