建立自然保护区是进行生物多样性保护和生态服务功能恢复最重要的措施之一，对于维护国家生态安全和减少资源浪费发挥了非常重要的作用。根据全国和云南省主体功能区规划，自然保护区被划为禁止开发区域，以提供生态产品为主，实行严格保护。正是由于被划为禁止开发区域，使得该区域的资源价值与生态效益在现实中不能得以正常体现，进而导致生态效益及相关的经济效益在保护者与受益者之间存在着不公平分配。资金短缺是自然保护区实施生态建设的最大制约因素，由于建设资金与管护经费投入不足，造成自然保护区的建设和管理工作进展缓慢，而且对当地居民的传统生产活动和生活方式产生了一定的影响。因此，对自然保护区实施科学有效地森林生态效益补偿，是改善生态环境质量、协调公益性的自然环境保护与地方经济发展矛盾的重要手段。

在当前全面实施主体功能区规划的背景下，客观上要求对划为禁止开发区域的自然保护区进行森林生态效益补偿。建立生态补偿机制是实施我国主体功能区规划的重要政策支撑，目前森林生态效益补偿受到了国内外越来越多的关注，对自然保护区实施森林生态效益补偿的必要性体现在以下方面:首先，随着经济社会发展特别是生态文明建设的深入推进，社会对保护生态的认识和需求日益提升，客观上要求公共财政对自然保护区的生态建设和环境保护提供足够的资金支持，尤其是保护区森林管护压力大，生态建设能力、科技支撑、人才队伍等与实际需求之间存在较大的差距，这些都需要财政资金作保障。其次，国家要求自然保护区将生态建设和环境保护的任务摆在首位，为资源环境保护、生态恢复和建设承担额外成本，当地政府不得不停止开采、垦伐以及禁止新建高投入、高能耗的工业项目等，造成当地财政收入及发展机会的减少，生态建设和环境保护的直接支出成本和地方发展的机会成本都很高，需要安排转移支付予以补助。第三，生态环境作为一种公共物品，具有明显的正外部性效应，受益地区应当通过转移支付等手段对其进行经济补偿。(www.daowen.com)

自然保护区具有边界明确、功能突出和法规相对完善的特点，建立和完善自然保护区生态补偿机制，不但对其他类型的禁止开发区具有重要借鉴意义，而且对建立和完善国家生态补偿机制具有重要政策价值。