云南实施森林生态效益补偿以来，补偿工作取得了积极进展。但由于这项工作起步较晚，涉及的利益关系复杂，对规律的认识水平有限，组织实施的难度较大，因此在工作实践中还存在不少矛盾和问题。

一是森林生态效益补偿力度有待逐步加强。一是补偿范围没有覆盖全部公益林。云南省纳入森林生态效益补偿的国家级和省级公益林面积共计880.4万hm2，在全省67.7万hm2州(市)、县(市、区)级公益林中，除昆明市对10.7万hm2市级公益林和5.3万hm2县(市、区)级公益林进行补偿外，其他州(市)、县(市、区)未实施补偿;二是补偿标准偏低。目前的补偿还处于初级水平，仅是对公益林管护成本的基本补偿，不足以弥补公益林保护管理的机会成本;三是补偿资金来源渠道和补偿方式单一。补偿资金主要依靠中央和省级财政转移支付，社会投入等其他渠道明显缺失。除资金补助外，产业扶持、技术援助、人才支持、就业培训等补偿方式未得到足够重视。此外，随着转移支付补偿资金渠道增多，林业改革发展其他项目资金和生态效益补偿资金的关系还需进一步理清。四是补偿资金支付和管理办法不完善。资金管理办法修订变动频繁，有的地方补偿资金没有做到及时足额发放，有的甚至出现挤占、滞留补偿资金现象。

二是生态保护者和受益者的权责落实不到位。一是对公益林保护者合理补偿不到位。重点生态功能区的林农群众为保护生态环境做出了很大贡献，还存在着保护成本较高、补偿偏低的现象。由于地方财政困难，不能有效实施所有公益林补偿全覆盖;二是公益林保护者履行责任不到位。补偿资金与保护责任挂钩不紧密，有的地方为了发展经济存在破坏公益林的情况;三是生态受益者履行补偿义务的意识不强。生态产品作为公共产品，生态受益者普遍存在“搭便车”心理，缺乏补偿意识。四是公益林管理基础工作和技术支撑不到位。森林生态效益补偿标准体系研究滞后，基层技术力量薄弱，公益林管理人员的能力和水平有待提高。(www.daowen.com)

三是多元化补偿方式尚未形成。资源税改革尚在进行，环境税开始征收时间不长，制约了生态补偿资金筹集。碳汇交易、排污权交易等市场化补偿方式仍处于探索阶段。横向生态补偿发展不足，法律和政策不健全，流域上游地区与下游地区之间缺乏有效的协商平台和机制。

四是政策法规建设滞后。目前，国家和地方还没有森林生态效益补偿的专门立法，涉及生态补偿的法律规定分散在多部法律之中，缺乏系统性和可操作性，“谁开发谁保护、谁受益谁补偿”的利益调节格局还没有真正形成。要加快研究制定《森林生态效益补偿条例》，规范森林生态效益补偿标准和补偿方式，明晰资金筹集渠道，不断健全补偿机制，推进森林生态效益补偿工作制度化和法制化。