2002年，云南省人大常委会公布实施《云南省森林条例》，第七条规定:“生态公益林应当严格管护，不得随意砍伐，并实行森林生态效益补偿制度。具体补偿办法由省人民政府按照国家有关规定制定。”

2004年2月，中共云南省委、省人民政府为深入贯彻落实中共中央、国务院《关于加快林业发展的决定》，建设绿色经济强省，印发《关于加速林业发展的决定》，明确要多渠道增加对林业投入，“把森林生态效益补偿基金纳入各级财政预算，适时启动省级森林生态效益补偿试点工作”，已纳入公益林管理的森林资源，各级政府要以多种方式对林业投资者给予补偿。

2005年4月，云南省财政厅、原省林业厅印发了《云南省森林生态效益补偿基金管理实施细则》，指出:“云南省森林生态效益补偿基金由中央补助的森林生态效益补偿基金和地方森林生态效益补偿基金组成。”中央森林生态效益补偿基金是指中央财政安排的专项用于重点公益林管护者营造、抚育、保护和管理支出给予一定补助的专项资金，包括补偿性支出和公共管护支出。地方森林生态效益补偿基金是指各级地方财政安排的用于公益林管护的专项资金。中央补偿基金按照国家核定的补偿面积，平均补助5元/(亩·年)，省级财政安排的森林生态效益补偿基金，主要用于公共管护支出。

2007年，云南省开始省级公益林生态效益补偿试点。参与补偿试点工作的有玉溪、临沧、红河、文山4个州(市)18个县(市、区)，纳入补偿试点范围的省级公益林面积7.6万hm2。省级公益林生态效益补偿标准为5元/(亩·年)，其中3元用于补偿性支出，1.5元用于管护性支出，0.5元用于公共管护支出。

经过2年补偿试点，2009年，云南省省级公益林生态效益补偿全面启动。省级财政按照5元/(亩·年)的补偿标准，对省级公益林实施生态效益补偿。2009年3月，云南省人民政府印发《云南省地方公益林管理办法》，指出:“县级以上人民政府应当建立森林生态效益补偿制度，多渠道筹集森林生态效益补偿资金。对经核查认定的省级重点生态公益林，由省级财政筹集资金，按照每亩每年5元的标准实施补偿，并逐步提高补偿标准。”同时明确，省级公益林补偿资金的管理由省财政部门、省林业行政主管部门制定。同年12月，云南省财政厅、原省林业厅印发《云南省省级公益林生态效益补偿资金管理办法》，明确“省级公益林生态效益补偿资金是指省级财政安排的专项用于省级公益林生态效益补偿的资金”，规定:“省级公益林补偿标准为每年每亩5元，以后视财力状况逐步提高补偿标准。”

2011年，云南省财政厅、原省林业厅制定了《云南省实施中央财政森林生态效益补偿基金管理细则》，规定:“中央财政森林生态效益补偿基金，重点用于国家级公益林保护和管理”，同时明确指出:“中央财政补偿基金依据国家级公益林权属的不同实行不同的补偿标准。国有的国家级公益林补偿标准为每年每亩5元，集体或者个人所有的国家级公益林补偿标准为每年每亩10元。”(www.daowen.com)

2012年，云南省财政厅、原省林业厅修订了《云南省省级公益林生态效益补偿资金管理办法》，规定:“省级公益林生态效益补偿标准分为两种:权属为国有的每年每亩补偿5元，权属为集体或者个人的每年每亩补偿10元。”天保工程区权属为国有的省级公益林全部纳入国家天保工程二期森林管护补助。

2014年，云南省财政厅、原省林业厅制定了《云南省森林生态效益补偿资金管理办法》，指出:“森林生态效益补偿资金，是指由中央和省级财政预算安排，分别用于国家级和省级公益林的保护和管理的专项资金。”并对补偿资金使用实行管、补分离，包括管护费和补偿费两部分。管护费是指用于国家级和省级公益林保护和管理方面的支出，包括公共管护支出和管护补助支出。补偿费是指中央财政和省级财政对林权为集体和个人的国家级和省级公益林的经济补偿。森林生态效益补偿资金根据林地权属实行不同的补偿标准，国有的国家级和省级公益林平均补偿标准为5元/(亩·年)，全部作为管护费;集体和个人的国家级和省级公益林补偿标准为15元/(亩·年)，其中管护费5元、补偿费10元。国家级和省级公益林补偿标准因政策需要进行调整的，按调整后的标准执行，管护费和补偿费具体列支标准由省级财政和林业主管部门在下达资金计划时予以明确。天保工程区权属为国有的国家级和省级公益林纳入国家天保二期森林管护补助。

2017年，云南省财政厅、原省林业厅修订了《云南省森林生态效益补偿资金管理办法》，对于管、补分离原则进一步做出明确规定:“森林生态效益补偿资金根据林地权属实行不同的补偿标准，包括管护费和补偿费两部分。国有的国家级和省级公益林补偿资金全部作为管护费;集体和个人的国家级和省级公益林补偿资金中管护费5元，其余为补偿费。”

2019年11月，经省政府同意，云南省林业和草原局、云南省财政厅制定印发了《云南省公益林管理办法》，明确指出“森林生态效益补偿资金按照管护费和补偿费分离的原则，分别用于公益林的保护和管理及公益林林权权利人的补偿”，中央财政安排资金用于国家级公益林补偿，省级财政安排资金用于省级公益林补偿，州(市)、县(市、区)公益林补偿标准和办法由各地自行制定。还将公益林数量、质量、功能和效益等内容作为《生态文明建设考核目标体系》和《绿色发展指标体系》中森林覆盖率、蓄积量指标的重要组成部分实施考核评价。