根据原林业部《关于开展林业分类经营改革试点工作的通知》和国家林业局《关于开展全国森林分类区划界定工作的通知》精神，云南省自1996年开展森林分类区划试点，2001年完成了全省第一次两类林区划。2004年7月，根据国家林业局、财政部印发的《重点公益林区划界定办法》，云南省按照“生态优先、确保重点，因地制宜、因害设防，集中连片、合理布局和尊重林权”的原则，在2001年完成的两类林区划界定基础上，结合天保工程区各县实施情况，组织开展了除五华、盘龙两城区外的127个县(市、区)的国家重点公益林区划界定。

重点公益林区划范围是生态区位极为重要或生态状况极为脆弱，对国土生态安全、生物多样性保护和经济社会可持续发展具有重要作用的地区，具体包括六个生态区位，分别是江河源头、江河两岸、森林和陆生野生动物类型的国家级自然保护区及列入世界自然遗产名录的林地、湿地和水库、边境地区陆路、水路接壤的国境线以内10km的林地、荒漠化和水土流失严重地区。(www.daowen.com)

2004年9月，经国家林业局、财政部核查认定的云南省国家重点公益林面积为791.8万hm2，全省纳入中央森林生态效益补偿范围的国家重点公益林面积187.8万hm2，占全省认定面积的23.7%，分布在非天保工程区的10个州(市)56个县(市、区)。其中，石漠化和水土流失严重地区118.5万hm2，占63.1%;边境地区27.6万hm2，占14.7%;国家级自然保护区25.2万hm2，占13.4%;江河两岸15.4万hm2，占8.2%;湿地水库1.1万hm2，占0.6%。