四大书院中名气最大的大科书院，也因为其盛名而遭受横祸。万历七年，当时秉政的首辅大学士张居正下令在全国禁毁书院，作为岭南理学重镇的大科书院也因此遭到了重大的打击。

万历七年禁毁令下达之际，当时担两广总督的湖南临武人刘尧诲，他本人是书院事业的热心者，曾在江西建濂溪书院。他认为毁书院非盛世之事，拒不执行。可是两年后，刘尧诲调离广东，西樵山书院最终还是躲不掉这场浩劫。

大科书院作为湛若水早年著述讲学的重要场所，是西樵山四书院中名气最大、影响最广的一所书院，所以在禁毁书院的行动中成为了重要的靶子，被重点打击。屋漏偏逢连夜雨，两年之后，万历十一年正月二十二日，湛若水的重要继承人庞嵩去世。庞嵩的去世，使西樵的甘泉弟子失去了其领导者，所以，虽然万历十一年六月因为邹元标的上疏而开禁书院讲学，但此时西樵山的大科书院已经失去了一个能够有号召力的人物来重振雄风了。庞嵩去世十数年后，霍尚守写了一篇《秋游记》，其中提到他所见的大科书院故址已经是“断墉残砌，半入荆芜”。

书院被毁之后，人员四散，大科书院所在的烟霞洞，今天已经变成了一片桃花园，先贤的讲学痕迹，再也难以追寻了。可是，每当春天桃花盛开的时候，那漫山遍野的桃花霞彩，加上雨后山中的氤（yīn）氲（yūn）之气，这烟霞洞的名称真是名副其实。漫步桃花园，遥想当年大科书院五百年前的盛况，美景与历史在此交融。

桃花园

至于湛若水所创的另一座书院——云谷书院，则因为在它的创设之初，就有祭祀湛若水的老师陈白沙之祠，使得书院免除了被彻底禁毁的命运，只是失去了此前讲学的功能，变成一座奉祀陈白沙的祠宇。霍尚守的《秋游记》中记录了霍尚守及友人前往云谷谒白沙先生祠，登见泉楼，回望天峰双瀑飞洒的经历，可见此时白沙先生祠还是在的，只不过物是人非，云谷书院大概已经失去了其讲学的重要功能。

在漫长的历史过程中，原先宏伟的楼台阁道，都消失不见。云谷位于西樵山南部，这一带地势比较低洼，新中国成立之后，因为水利灌溉的需要，政府选择了云谷一带修筑水库，蓄水之后的云谷，成为了现在的南湖。由于这里并没有进行深入的旅游开发，所以早已草木茂盛、人迹寥寥。

南湖远眺

方献夫所创建的石泉书院，在方献夫去世之后，由于方献夫儿子年幼，所以方氏家族内部子侄对方献夫留下的遗产有争议，伴随而来的是方献夫所经营的石泉书院的衰落。也就是说，石泉书院的衰落早在嘉靖二三十年间就已经开始，万历初年逐渐倾圮，所以方献夫的儿子方蕖予以重修。方蕖于万历八年去世，次年禁毁书院就波及西樵山，由于石泉书院保存了嘉靖皇帝御赐的书籍，所以没有在这场浩劫中遭受直接的破坏。但是随着岁月的流逝，石泉书院也逐渐被废弃。霍尚守《春游记》中记录了他和友人游石泉书院的经历。当时东莞的蔡调元、林和先都借住于石泉书院之中。可见万历二十八年时，石泉书院尚存。但无得力之人经营，其衰落已不可避免。

东天湖与新宝峰寺

方献夫所建设的规模宏大的石泉书院及其附属建筑，今天已经难以看到丝毫痕迹。但在石泉书院原址不远处，新的西樵山宝峰寺拔地而起，成为如今西樵山的旅游新地标。石泉书院前面的天湖，现在改名为东天湖，草深木秀，游人如梭。(www.daowen.com)

四峰书院，在张居正禁毁书院的时候，也采取了改头换面的办法，把四峰书院改成西庄霍公祠，奉祀霍韬的父亲霍华。而书院的建筑也并未遭受多少破坏。这也显示出石头霍氏家族在因应国家政策方面的灵活性。而且禁毁书院的运动过去之后，霍尚守还继续对四峰书院“大为修葺”，在原四峰书院的右侧增建敦古堂、毓秀轩等新建筑。霍尚守还常常和友人在四峰书院中聚会于敦古堂，住于毓秀轩，可见当时四峰书院仍然非常热闹。

四峰书院是西樵山现存唯一一座明代书院遗址，也是广东地区极少数存留至今的明代书院遗址，历经五百多年的岁月沧桑，虽然只剩下少量残垣断壁，但是仍然能够通过遗址遥想当年的盛况。

四峰书院遗址位于今天西樵山茶花园之内。遗址由五大部分组成。其一是四峰书院主体建筑崇礼堂古遗址，其二是霍韬夫人区氏墓古墓葬，其三是宝峰胜处石刻，其四是天池古遗址，其五是玉池古遗址。

四峰书院主殿崇礼堂的遗址，位于四峰书院遗址东北部，始建于明嘉靖二年（1523），后经数次修葺，现存部分土墙。其中北墙、东墙、西墙较为完整，南墙已毁。

四峰书院遗址

霍韬夫人区氏墓，位于崇礼堂之北，始建于明正德十二年（1517），后经数次修葺，保存状况一般。中为嘉靖四十五年霍与瑕所立墓碑。古墓外观完好，但有多处裂缝。古墓北面墓墙大体保存完整，东面、西面墓墙略有残损。

宝峰胜处石刻，位于四峰书院遗址东部，刻于明嘉靖年间，保存状况较好。有“宝峰胜处”四大字，是霍韬的儿女亲家甘学所写。

天池遗址，位于四峰书院遗址西南部，又名“浸佛塘”，就是西樵当地传说霍韬占寺葬母、抛弃佛像的池塘。池底也许没有佛像，可是我们能在这里欣赏到满池的荷花。

玉池遗址，位于四峰书院遗址东南部。四周同样是湖堤环绕、满池荷花。