嘉靖四十五年十二月十四日，在位长达四十五年的嘉靖皇帝驾崩了，一个漫长的时代至此终于画上了句号。在嘉靖晚年弊政丛生、亟须改革的关头，内阁首辅徐阶草拟了一道遗诏，徐阶的学生张居正在其中贡献颇多，不久就入阁为吏部左侍郎兼东阁大学士（相当于国务院副总理兼中组部副部长），从此逐步走向政治舞台的中央。六年以后，在隆庆皇帝去世之际，张居正得到了万历皇帝生母李氏以及司礼监太监冯保的支持，击败了政敌高拱，成功地当上了大明首辅，开启了他权倾天下的十年生涯。

张居正认为，越来越兴盛的理学（针对的主要是王阳明、湛若水为代表的心学）讲学之风，超出了朝廷的控制范围之外，所以理学的讲学活动是“芝兰当路，不得不锄”。

冯梦龙记载当时一位著名理学家何心隐说过：“分宜（严嵩）欲灭道学而不能，华亭（徐阶）欲兴道学而不能，能兴灭者，此子（张居正）也。”何心隐是不是真有说过这句话，已难以深究，不过由此也可见当时人如何看待张居正与“道学”之间的微妙关系。

万历三年（1575），身为首辅的张居正上《请申旧章饬学政以振兴人才疏》，全面陈述了自己对整饬学政、整顿各省提学官员、府州县学生员及私创书院的看法。他指出的万历二年（1574）命令吏部慎选各省提学官，有不称职的要奏请改黜这一请求并未得到实施，所以在奏疏中开列了十八条措施，第一条就是遏制标立门户、私创书院、聚集生徒之风。第四条则是强调科举取士遵循宋儒注释文本，以统一官学。

历史学家朱东润认为：“这是居正整饬学风的计划：他要打倒游谈之士，所以不许创建书院；他要肃清学霸之源，所以裁减学额。”韦庆远教授则指出：“诸如此类的指示和禁令，其实都是围绕着以禁讲学和毁书院为主题，加强对各个层次士人的严厉约束，不惜运用高压手段，使用法律的震慑功能，达到钳制思想言论，强迫就范的目的。”万历皇帝对张居正的建议表示赞同，要求负责官员要认真贯彻。

张居正这一道奏疏，只是他向当时的私人讲学之风宣战的第一步。四年后，张居正推出了更为严厉的政策。

张居正像(www.daowen.com)

张居正以原任常州知府施观民科敛民财，私创书院问罪为理由，将其所创书院及各省私建的书院，都改为公署衙门，书院的田产则收归官府管理，不许那些生徒聚集游食，扰害地方。万历七年正月二十二日，朝廷正式下达禁毁天下书院的诏令。张居正的这一政策通过诏令下达，命令吏部、户部、各省巡抚、巡按御史等官员跟进，不许迁延草率。到万历九年十月，历时两年多的禁毁书院行动暂告一段落。据记载，当时所改毁的应天等府书院，前后一共六十四处，或改公署，或归原主，或直接毁废。只有拥有皇帝特许的紫阳、崇正、金山、石门、天泉五书院存留如故。

不过，六十四处书院，相对于当时各省各县处处大兴土木创设书院的情形来说，只是一小部分。而且，以上六十四处书院也并非全部被毁，据研究，当时真正被毁的书院有成都大益书院等十六所；有些书院是名毁实存，但迫于张居正的政治压力，只好改头换面，以各种方式保存下来。张居正于万历十年死去，此后很多书院就陆续兴复了。由此可见当时书院讲学影响是很大的，一道禁令不可能完全禁绝。

张居正于万历十年六月突然去世，被其威权压制已久的官场就不断有人参劾张居正的生前行事，到万历十一年三月，万历皇帝下诏：夺去张居正上柱国、太师兼太子太师的赠官，张居正的儿子锦衣卫指挥张简修革职为民。此后针对张居正的攻击行动愈演愈烈，同年八月，万历皇帝下令追夺张居正的谥号。同月，此前因上疏弹劾张居正夺情事而被谪极边充戍的刑部观政进士邹元标也被召回，并特授为吏科给事中。十月，邹元标疏陈五事，其中就提出了检讨禁毁书院这一做法的建议，邹元标说：私创书院要毁调，这当然是对的。但如果因此就将先贤的遗踪一概折废也不对，应该下令把书院修复起来。

万历皇帝自然知道这个是针对此前张居正的政策，自己一来可以改换张居正当政时的措施，二来也可讨好一下这些利害关系盘根错节的士大夫群体，所以皇帝肯定了邹元标观点，将其奏疏交给礼部处理。礼部自然对皇帝的命令心领神会，在覆文中承认了不辨公私改毁书院这一政策会对地方造成骚扰，对邹元标所提出的有先贤遗踪或者本朝敕建的书院要酌量查复。这实际上就间接否定了万历七年正月禁毁书院之令。原来被毁的书院只要能够有一个说得过去的理由，就可以重新开张了。万历皇帝还生怕礼部的表态不够明白，下诏颁布天下说：本朝重道崇儒，本来就没有讲学的禁令，只要不扰民就行。

明神宗万历皇帝朱翊钧像

万历皇帝“原无讲学之禁”的表态，直接赋予了书院讲学之风的存在合法性。所以，张居正死后，各省的书院就纷纷复建，讲学之风又趋大盛。