第三个书院是石泉书院。方献夫在湛、方、霍三人之中进入西樵山的时间最早，所修石泉书院及其附设的建筑也颇为宏大，有翳门关、入山石磴千级等处；碧玉洞的方子山居等处；宝鸭池的耕足窝等处；石泉洞的石泉书院、天湖等处。这些建筑都分布在大科峰以北，而核心则无疑是石泉书院。

方献夫对书院的建设和周边环境十分满意，他自己曾做过如下描述：书院东靠白山、碧云二村，西邻云端村、石牌村，云表村在其后，宝鸭池和观翠岩则在其两腋之间。前面是大路，为樵夫、游人所必经，路旁就是石泉洞门，是前往翳门关而直达观山市的通道。石泉洞内是天湖，天湖之上有亭，称为天湖亭。天湖上面还有方子钓台。两侧是盘龙石和伏虎石。盘龙石下方有与鹿亭，伏虎台下方有洗耳岩、爱瀑轩，观翠岩也建有亭，宝鸭池当中有耕足窝，都是游览和休憩（qì）的好去处。

刘子秀《西樵游览记》卷二《图说》的图与文字对石泉书院及其周边的建筑也有记载，可以补充方献夫之叙述。刘子秀说：西樵是一座“泉山”，山上的飞泉到处涌出，像是白练轻拂，又像是珠帘垂挂，珍珠翻腾，白雪喷薄。积聚起来的成为水潭，截流起来的成为水湖，不知有多少。而山上的水则以天湖为最大，在石泉洞的北面。其上有石泉书院。书院里面是御书楼，前面有沛然堂，后有楼，因为对着紫云峰，所以叫紫云楼。湖上面有亭，俯瞰湖滨，叫天湖亭。左方有蟠龙石，泉从石的罅隙之中涌流而出，清响如琴，往东泻入湖中，上面有与鹿亭。右方为伏虎台，瀑布倒挂，当中有爱瀑轩。湖口有一巨石高耸，取名为钓台，是方献夫投杆钓鱼的地方。台之外筑土为湖堤，其中连通一座三拱桥，名为留虹桥。全湖还承受了大科、小科诸水的停留涵蓄，浩渺无涯。天湖之下有两山崖夹峙，再筑一湖，合为上下天湖。下湖之水，就是上湖之水也。在其中撑船的话，随舟所至，可以泛舟，可以钓鱼，仿佛仙境，不知道山在水中，还是水在山中了。

刘子秀同样也为石泉洞描绘了一幅山水图，展现了石泉书院及周边的风光。(www.daowen.com)

石泉洞的中心自然是石泉书院，而书院的中心是御书楼，前为沛然堂，后为紫云楼。书院前又有盘龙石、与鹿亭、伏虎台、爱瀑轩的营建，天湖之上有天湖亭，又有留虹桥。以石泉洞为中心，向北延伸，有方献夫所建翳门关、千级石磴，其西有宝鸭池的耕足窝，其东又有观翠岩的小亭。如果对照西樵山的地图，则可以发现环绕大科村以北、云端村以东、碧云村以西、石牌村以南的大片区域，都在方献夫的经营范围以内，其规模是相当广大的。

刘子秀绘《石泉洞图》

方献夫在世期间，备受嘉靖皇帝的眷遇，他以石泉书院为中心所占据的西樵山大科峰以北的大片地域更是得到皇帝与广东地方官员的庇护。但石泉书院在方献夫去世后不久，就逐渐衰落了。成书于嘉靖三十九年（1560）的黄佐《广东通志》称，石泉书院的藏书甚为丰富，不过后来改藏于广州城西门外的龟峰寺故址，后来差不多都被人偷光了。