从晚唐韩愈、李翱等人拿起一千年前的《孟子》、《大学》、《中庸》等儒家经典作为思想武器，发出了理学的先声之后，又过了大约200年，理学才从一股思想潜流，发展为系统性的儒家学说。

理学的发展历史，大体上可以明初为界限，宋元为第一发展时期，明清为第二发展时期。

第一发展时期的宋元可分为三个阶段。

第一阶段是北宋，是理学的形成及初步发展阶段。这一时期理学代表人物包括周敦颐、张载、程颢、程颐、邵雍等人。代表性著作有周敦颐的《太极图说》、《易通》，程颐的《伊川易传》，张载的《正蒙》、《经学理窟》，邵雍的《皇极经世书》等。这一时期可以说是理学形成和初步发展的阶段，重要的理学范畴、命题，都是在这一时期提出来的。

第二阶段是南宋。这是理学的进一步发展以及朱学统治地位逐步确立的阶段。这一时期的理学代表人物是胡宏、吕祖谦、朱熹、张栻、陆九渊等人。南宋初年，二程弟子杨时传授理学，经罗从彦、李侗传给朱熹。朱熹是程朱理学的集大成者，建立起了完整的理学思想体系。他的代表作为《四书集注》及后人编集的《朱子语类》。张栻与朱熹同时，观点与朱熹接近。程朱之外，从二程弟子谢良佐开始，到王蘋、张九成而至陆九渊，被称为心学。“庆元党禁”之后，朱学的统治地位逐渐确立，陆学则逐渐消沉。

第三阶段是元朝，这是朱学北传阶段。赵复、刘因、许衡等学者对朱学北传起到了很大的作用。元仁宗延祐年间（1314—1320）恢复科举考试，以程朱理学的著述作为科举考试的标准教材，从而确立了此后数百年程朱理学的正统思想地位。这一时期的理学代表人物除许衡等外，还有饶鲁、吴澄等。(www.daowen.com)

第二发展时期的明清也可分为三个阶段。

第一阶段是明初，仍是朱学统治阶段。明成祖时敕撰的《四书大全》、《五经大全》、《性理大全》三书，均以朱学为准。如《四书》主朱熹《集注》，《易》主程氏易传，《书》主蔡沈书传，《诗》主朱熹集传，《春秋》主胡安国传。这一时期的理学代表人物，早期有宋濂、方孝孺、曹端，后期有薛瑄、吴与弼、胡居仁等人。

第二阶段是明中期，这是王学崛起及传播阶段。陈献章是吴与弼的弟子，但其白沙之学，可以说是王学的先驱。明代中期影响最大的理学家是王守仁，以及陈献章的弟子湛若水。王湛两家，各立宗旨，王标“致良知”，湛标“随处体认天理”，二人的弟子都遍及全国。王守仁更是在万历十二年（1584）获得朝廷的批准，从祀孔庙，也就是能够和孔子、孟子等历代圣贤一同接受天下儒生的奉祀，从而获得了官方最高层对其学说的认可。

第三阶段是明后期及清前期，这是对理学的总结批判阶段。这一时期的理学代表人物有黄宗羲、王夫之、顾炎武、颜元、戴震等人。明末清初出现一批总结理学的著作，如周汝登《圣学宗传》、孙奇逢《理学宗传》、黄宗羲《明儒学案》、全祖望《宋元学案》等，并对理学本身开始反思和批判。《宋明理学史》将理学的历史终结于清初的陆世仪、陆陇其与李光地等人，认为这一时期的理学家“多因袭旧说，理论上无多大发明”，这说明理学已经走到了穷途末路。

不过，从理学对整个中国社会的影响来看，清初并不是理学终结的时代，理学的影响仍然无处不在，并不能因为其“穷途末路”而认为其不值一谈。程朱理学作为官方意识形态，一直持续到清朝灭亡。