在开发各种水资源的过程中，应当将开发与保护并举。一方面，不能过量开发水资源，必须考虑下游的生态流量，无论是开发地表水还是开发地下水，都需要考虑产生不良的环境效应会诱发地质灾害的问题。另一方面，为防治滑坡、崩塌、地震、塌陷、土壤加剧侵蚀及石漠化等灾害的发生发展，需要采取相应的防治措施。对可能产生危害性大的地质灾害，应建立监测与预警预报系统。当然，要防治一切地质灾害，目前尚难达到，但是应当尽量减少地质灾害的损失，这个方面的最低要求还是可以争取达到的。

在保护水资源及环境方面，对于水环境的污染防治，需要特别注意。云贵高原地区，以滇池为代表的严重富营养化问题，已造成许多不良后果。而且高原湖泊的特征是储水容量大，与其流域内小河流存在着多年性的补排关系，所以没有更多地表径流量使湖水处于活跃交替的状态。因此受污染后，处于相对封闭、静止的湖水，不易得到洁净径流的置换，而且污染物在湖底淤积，又易于产生二次污染。云贵高原的湖泊污染需通过长期综合治理才可解决。西藏地区湖泊污染问题也是不可忽视的重要问题。一方面要防止淡水湖泊的盐化现象，另一方面也要避免盐湖这宝贵资源发生淡化的破坏现象。

人工库水的污染也是不可忽视的重要问题，污染源除了来自上游的污水及库区两岸的污水之外，水库中的网箱养鱼，常是重要的污染源之一。必须严格控制网箱养鱼，限制两岸各种生活及工业废水的直接排入。贵州猫跳河6级水库，作为供水水源地，需要严格控制污染，保护库区周围水环境。西南大开发中，应吸取东部沿海开发的教训，不能单纯追求经济效益，置环境污染而不顾，更不能抱着“先开发，而后治理（污染）”的错误认识。针对西南的自然条件，保护水环境更为逼切，因为处在大江河的上游，其污染状况会迅速影响到中下游的生态环境。西南地区如果待到水环境严重污染后，再进行治理，其难度及投资力度比在东部地区要大得多。

目前，西南地区5省（市、自治区）（不含广西）的工业污水排放量每年仍有50多亿m3，真正处理达标的不到1/3，生活污水也多数没很好处理。今后应增加污水处理的力度，积极进行水质处理，使水资源重复利用，才能更好发挥水资源的效益。(www.daowen.com)

长江三峡工程建成后，库区污染源的处理特别重要，国家应重点安排有关污水处理和库区有关环境治理问题，以使影响三峡工程效益的这个重大问题，得以尽早解决。

此外，农业化肥等方面污染源日益扩大，对水环境的危害也不断加剧，在西南地区，利用有关矿产资源，发展掺有矿物的肥料，是减少污染、提高农业产量的一个重要的途径。目前已有多种生物—矿物肥料的研究成果，有待进一步转化与开发。