内陆水资源的重要特征之一，是地表水与地下水之间极为密切的相互转化关系，无论是对地表水的改造利用，还是对地下水的开发，当达到一定规模时，都将引起区域性的“水文效应”，导致水资源时空分布的巨大变化，产生生态环境问题。大量修建水利工程，必然使得水循环条件发生变化。

水循环条件的变化主要有两个方面：①由出山河流在山前通过天然河道大量入渗补给地下水，变为河水，以引入渠道后的渠系、田间入渗为主，河道入渗退至次要地位，且补给区扩展至细土平原带。②上、下游用水矛盾的加剧，使下游盆地地表水流入量锐减，如石羊河通过红崖山流入民勤盆地的地表水由20世纪50年代的平均5.71亿m3/年减至目前的不足1.0亿m3/年，使地表水对地下水失去了补给意义。(www.daowen.com)

水循环的变化造成水系变迁。发源于河西走廊祁连山区的三大内陆河流，出山后由南往北流（疏勒河在中游以下折向西流），主流与各支流之间直接联系。由于修渠筑坝，河水引入渠道，使水流改径，河道断流，渠系代替了河道。金川河与石羊河脱离联系；北大河在金塔北部旧河床断流与黑河失去联系；党河也因上游水源控制，与疏勒河下游失去联系。其他许多小支流也有同样的变化。因此造成地下水天然补给量逐年减少。历史上山区河流出山口后，倾泻于山前冲积平原，地下水获得大量补给，由于修渠筑坝后河水引入渠道，河道断流，使地下水失去散流补给和河道渗漏补给，同时人工渠道高标准衬砌，渠系渗漏量减少，使地下水的天然补给量逐年减少。据甘肃水文地质队资料，河西走廊地下水天然补给量20世纪70年代比50年代减少了25%，引起区域地下水位下降，再加上大量开采利用，一些地区地下水位大幅度下降，如河西走廊90年代比60年代下降了3～5m，其中武威盆地南部1997年比1959年下降了10～20m，由此造成泉水溢出量减少，有的泉群消失，一些泉水灌溉区被迫改为打井灌溉。