在开发各种水资源中，应当将开发与保护并举，不能在开发利用水资源的过程中又发生对水资源及有关环境造成严重破坏的情况。所以，一方面不能过量开发水资源，必须考虑下游的生态流量；另一方面，无论是开发地表水还是开发地下水，都需要考虑可能产生的不良环境效应以及其诱发的地质灾害问题。为防治滑坡、崩塌、泥石流、地震、塌陷、土壤加剧侵蚀、地膨胀、地面沉降，以及石漠化等突发性与缓变性灾害的发生和发展，需要采取相应的防治措施。对可能产生的危害性大的地质灾害，应建立监测与预警、预报系统。当然，要使一切地质灾害都能防治，目前尚难达到这目标。就是说，要完全避免自然灾害是不可能的，但在水资源开发中，尽量注意环境保护，减少诱发灾害的发生与发展还是应当做到的。

需要特别注意对于水环境污染的防治。云贵高原地区以滇池为代表的严重富营养化问题已造成许多不良后果。高原湖泊的特征是储水容量大，与其流域内小河流存在着多年性的补排关系，汇入的地表径流与湖水处于多年交替的状态。因此受污染后，处于相对半封闭、半静止的湖水不易得到大量洁净径流的置换，而且污染物在湖底淤积又易产生二次污染。云贵高原的湖泊污染需通过长期综合治理才可解决。西藏地区湖泊的污染问题也是不可忽视的。一方面要防止淡水湖泊的盐化与污染现象，另一方面也要避免盐湖这一宝贵资源发生淡化与污染的破坏现象。

水库的污染也是不可忽视的重要问题。除了来自上游的污水及库区两岸的污水之外，水库中的网箱养鱼常是重要的污染源之一，还有广大农村的农肥农药污染，也是重要的面污染源。因此，必须严格控制网箱养鱼，限制两岸各种生活及工业废水的直接排入，同时也要做好农村面污染源的控制与治理。贵州猫跳河6级水库作为供水水源地，需要严格控制污染，保护库区周围的水环境。西南大开发中应吸取东部沿海开发的教训，不能单纯追求经济效益，置环境污染于不顾，更不能抱着“先开发，而后治理（污染）”的错误认识。西南地区处在大江大河的上游，其污染状况会迅速影响到这些河流中下游的生态环境，保护水环境更为迫切。如果待到水环境严重污染后再进行治理，其难度及投资力度会比在东部地区更大。

目前，5个省（市、自治区）的工业污水排放量每年仍有30亿～40亿m3，真正处理达标的不到1/3；生活污水多数没有处理，面污染源更没有予以重视。今后应增加污水处理的力度，积极进行污水处理，使水资源重复利用，这样才能更好发挥水资源的效益。(www.daowen.com)

长江三峡工程建成后，大部分库区处在重庆市的管辖范围内，有关城镇及工业污染源的处理需要特别重视。国家应重点安排有关污水处理和库区有关环境治理问题的研究，使影响三峡工程效益的这个重大问题得以尽早解决。

此外，农业化肥等方面的污染源日益扩大、对水环境的危害不断加剧的趋势也应予以注意，并采取积极的防治措施。在西南地区，利用有关矿产资源发展掺有矿物的肥料是减少污染、提高农业产量的一个重要的途径，目前已有多种生物—矿物肥料的研究成果有待进一步转化与开发。