（1）贝叶斯法（MrBayes）构建的单倍型系统发育树

贝叶斯法构建单倍型系统发育树显示（见图2.5），瓜实蝇外群单倍型为H208，源自日本种群的单倍型与瓜实蝇具有最近的亲缘关系。上海H137和重庆H105单倍型是我国大陆地区最接近日本种群的单倍型，支持率为0.94，进一步分化则连接到我国其他单倍型，支持率达0.97。在我国分化的单倍型显示出两个明显的类群，一类是以长三角洲和西部地区为主的单倍型聚于一支，随后发育成不同地区单倍型分布的局面；另一类是以西部单倍型发育成型的分支，以西部种群为主，进一步发育为全国各地单倍型分布。对两类分支进行细分，可以发现，单倍型爆发以中部和西部地区单倍型较多。

分析表明，日本种群保存有大量较原始的单倍型种类。在我国，宽带果实蝇极有可能经上海和重庆传入，从长三角洲和西部地区得以传播扩散，在华中地区得以大面积爆发，最终形成全国范围内的广泛基因交流。

图2.5　贝叶斯法构建单倍型系统发育树
Fig. 2.5　Phylogenetic BI tree of Zeugodacus scutellatus haplotypes

注：蓝色代表日本种群，红色代表西部种群（重庆、贵州、陕西、山西、云南），绿色代表长三角种群（上海、浙江、江苏、安徽），紫色代表中部种群（湖南、河南、湖北、江西）
Blue, Japan population; red, weern population （Chongqing, Guizhou,Shaanxi, Shanxi, Yunnan）; green, Yangtze River Delta （Shanghai,Zhejiang, Jiangsu, Anhui）; purple, central China （Hunan, Henan, Hubei,Jiangxi）

（2）邻接法构建单倍型系统发育树（neighbor-joining tree）

邻接法构建的单倍型系统发育树（见图2.6，仅显示部分结果），以瓜实蝇H208单倍型作为分析外群，H194～H207共14个单倍型为日本种群单倍型，聚集在发育树的底部。到由单倍型H203与我国单倍型连接，分化为上海H137和重庆H105单倍型，由长三角和西部地区的单倍型逐渐分化出全国不同地区单倍型。邻接法从另一角度佐证了宽带果实蝇的起源和扩散路径，与贝叶斯法得出的结论一致。(www.daowen.com)

图2.6　邻接法构建单倍型系统发育图（仅显示图形底部结果）
Fig. 2.6　The NJ tree of 26 populations of Zeugodacus scutellatus（the bottom of picture was showed）

（3）单倍型中介网络图（median-joining network）

宽带果实蝇单倍型中介网络图分析显示（见图2.7），H208（蓝色）为瓜实蝇单倍型，靠近H208的单倍型聚集在根部，序号为H194 ～ H207，全部为日本种群的单倍型。经过一步突变与重庆万州、上海单倍型相连接，经过两条不同路径达到主单倍型H2。路径一：扬州单倍型（H126）与上海（H134）单倍型紧密相连，经湖北（H144）等种群继续扩散，在河南、江西等中部地区种群数量扩大，到达主单倍型H2。路径二：贵州赫章（H166）、湖北巴东单倍型与重庆单倍型紧密相连，在贵州兴义和贵阳、河南信阳进一步扩大，在H35共享单倍型种群数量增多，到达主单倍型H2。H20和H35是两个连接主单倍型的关键单倍型，H20以东部和西部种群为主，包括贵阳、嘉兴、上海、信阳；H35以西部和中部种群为主，包括长沙、河南、陕西、陕西和重庆等8个种群。

图2.7　宽带果实蝇单倍型网络图（蓝色：瓜实蝇；黄色：宽带果实蝇种群；红色：中介点）
Fig. 2.7　Median-joining network of Zeugodacus scutellatus haplotypes.（Blue, Zeugodacus cucurbitae; yellow, Zeugodacus scutellatus;red, median vector）