（1）序列对位

经测序后的所有序列使用BioEdit 7.09（Hall,1999）中的CLUSTAL W（Thompson et al., 1994）插件对正反向序列进行对位分析；对照测序荧光峰图进行确认，之后对编辑后得到序列按照位点分布进行手工剪辑，并将基因片段进行拼接，保存为FASTA格式（*.fas）文件。

（2）单倍型分析

将剪辑好获得的序列在BioEdit 7.0.9 中合并后保存为MEGA格式（*.meg），采用MEGA4.0 （Tamurak et al., 2007）统计联合DNA片段的核苷酸组成、变异位点及简约信息并构建单倍型系统发育树。将所有联合DNA片段文件导入DnaSP5.0（Librado et al., 2009）中筛选并合并单倍型，按共享单倍型（shared haplotypes）数字命名单倍型，统计其频率，各种群中的独享单倍型（private haplotypes）合并为总频率。统计后以Excel表格保存，使用ArcGIS 绘制所有单倍型的空间分布图和共享单倍型空间分布图。(www.daowen.com)

（3）种群遗传结构分析

此部分采用Arlequin 3.1（Excoffier et al., 2005）对各种群的核苷酸多样性 （nucleotide diversity）、单倍型多样性（haplotype diversity）、种群间Fst值、错配分布系数（Mismatch distribution）、种群内Nei's平均差异数（Nei's average number of pairwise differences）和种群间基因流值、核苷酸差异平均数（Average number of nucleotide defference）、各种群遗传距离等指标。其中，Gamma值由jModelTest0.1.1（Guindon et al., 2003;Posada, 2008）检验获得。种群间Fst值及自然对数、种群间K2P遗传距离及自然对数及用Google Earth测量所得各采样点间地理距离的相关性进行分析。同时，Arlequin 3.1还对各种群进行中性检验（neutrality test），计算得出Tajima's D（Tajima, 1989）和Fu's Fs值（F）、种群间Nei's平均差异数、种群间Fst值。采用MrBayes 3.2.2和Mega 5.0进行单倍型系统发育分析，使用Network 4.6构建单倍型中介网络图（median-joining network），推断祖先单倍型和进化分支。