水库库底清理由当地政府结合移民搬迁负责组织实施，慈利县、桑植县、鹤峰县均分别成立了以主要县级领导负责的清库领导小组。按照设计要求根据主体工程进度，库底清理分两个阶段进行，即下闸蓄水阶段（200m高程以下）和200～236 m正常蓄水位阶段。

1.下闸蓄水阶段（200m高程以下）

本阶段清理和验收范围为慈利县全部库盘和桑植县200m以下库盘，共完成清理面积28km2（其中200m蓄水位以下为18.8 km2）；拆除房屋面积38.12万m2；清理各类林地（含灌木林）面积807.47 hm2；园地82.73 hm2；消毒处理粪坑2643个，畜圈（栏）1001个，厕所2771个，垃圾堆101个，医院4个；清理、消毒坟墓5066座；拆除清理通信线路65.5km，广播线路111 km，输电线路133 km；清理发掘文物古迹16处。

根据有关规程要求，1998年5月澧水公司和湖南省移民局组织张家界市、慈利县、桑植县移民办和有关单位进行了全面的自检自验，并提出了自验报告和验收签证书等文件资料。根据初验报告，水利部和湖南省政府于1998年9月5～8日进行了正式验收，并获得通过，同意按时下闸蓄水。

2.200m至正常蓄水位236m阶段(www.daowen.com)

1999年底，桑植、鹤峰两县分别对所属境内200～236m库盘进行了清理。完成清理项目：林地199.33hm2，输电、通信、广播线路126km，厕所、粪坑、畜圈（栏）3000多个，垃圾堆282个，坟墓1725座。

2000年7月，澧水公司组织专家对本阶段的库底清理进行了初步验收，并提出了初步验收意见，水利部于2001年6月批复：“江垭水库200m至正常蓄水位高程清理工作基本符合规划设计和《水库库底清理办法》等文件规定，我部同意《江垭水库200m至正常蓄水位高程库底清理意见》，并不再组织对江垭水库200m至正常蓄水位高程库底清理工作进行验收，请你公司继续督促地方政府，加强库区管理工作，巩固库底清理成果。”

库区文物古迹共37处（湖南21处，湖北16处），湖南文物古迹发掘工作由省移民局委托省文物考古研究所进行，鹤峰县文物古迹发掘保护工作由该县文物管理所负责实施。该项工作在库底清理验收前已全部完成，并出具了相应证明文件。

江垭水库是湖南省大型水库第一个按照《水库库底清理办法》和设计要求进行清库和通过专项验收的水利工程，从水库蓄水后水库水质监测结果看，水库及下游断面水质均达到Ⅱ类水质标准，说明清库的效果是好的。