由于许多原因，江垭水库工程初步设计概算按1992年的物价水平仅16.62亿元，所有税费无一计列，而且当时是国家经济体制由计划经济向市场经济过渡，使工程建设的资金缺口很大。为确保工程能顺利施工，澧水公司除向上反映要求调整概算外，同时还积极争取优惠政策，以减轻资金缺口的压力。早在1992年10月，水利部和湖南省人民政府签订的《关于联合开发治理澧水流域协议书》中就已明确双方“在政策、资金、物资等方面给予公司一定的优惠和支持。”而且，部、省在1993年9月联合行文进一步明确“流域开发治理按地方为主，中央支持，政策优惠，滚动开发的原则进行。对于工程的耕地占用税、邮电开发基金、能交基金、预算调节基金等尽量减免。”

根据以上“协议”原则，澧水公司从1994年年初起以各种形式，积极向湖南省人民政府、湖南省财政厅、湖南省税务局等单位和部门反映和汇报情况，提出实施优惠政策的方案和请求。湖南省人民政府恪守承诺，对澧水公司的报告和请求作出了积极的回应。1995年6月15日，湖南省政府召开“关于江垭水利枢纽工程建设有关问题的会议”，并以湘府阅〔1995〕48号下发了会议纪要。在其纪要中明确：“关于减免工程建设税费问题，按下列原则办理：（一）中央、省、市、县有文件规定，省、市、县有权减免的税费一律免征、免收，尽快办理有关手续。（二）对没有文件规定减免的税费，考虑到江垭水利枢纽工程的特殊性，省属部分原则上予以免征、免收，个别种类免征、免收确有困难的，按最低标准征收；市、县属部分请市、县政府按上述原则尽快研究明确。”

1995年10月19日，杨正午省长、周伯华副省长在江垭水库工地召开现场办公会议，并以湘阅办〔1995〕100号发了现场办公会议纪要，在其纪要中明确：“江垭水库税费的减免要按照省重点工程、大型水利防洪工程的优惠原则和省政府6月15日召开的江垭工程建设会议精神办理，省、市、县有权减免的税费一律减免，能变通的则要变通，此项工作由省重点办牵头逐项落实，有关部门要遵照执行。”(www.daowen.com)

虽然慈利县人民政府当时对江垭水库的移民等工作给予了很大的支持，但由于工程税费的减免涉及到市、县政府的利益，加之慈利县是贫困县，当时县政府有的领导对重点工程建设的重要性认识不足，当澧水公司按照省政府的决定履行优惠政策时，却遇到了许多意想不到的事。

湖南省人民政府根据各重点工程出现的税费交纳问题，通过较长时间的调查和研究，于1999年1月以湘政办发〔1999〕2号文颁发了《关于规范水利、交通、能源等重点基础设施建设优惠政策的通知》，使全省重点工程在税费优惠方面开始有章可循。为保障江垭工程的顺利施工，澧水公司曾为争取重点工程的优惠政策付出了很大努力。同时，对于国家已有的各项有利于工程的政策，包括工程建设过程中的各种税费、投资包干、基建收入以及工程竣工财务决算中相关费用的处理等，澧水公司在国家政策允许的范围内，用足用活已有政策，为公司争取最大利益。竣工决算中，公司的留成收入达1.5亿元以上，为澧水流域的滚动发展创造了有利条件。