1998年7月，长江流域大水，澧水三江口站发生了新中国成立后最大洪峰流量19900 m3/s，澧水沿岸桑植、张家界、慈利、石门等5个县市城区均遭淹没。据省防汛指挥部统计，1998年澧水流域共计受灾人口315万人，倒塌房屋34万间，淹没耕地33.87万hm2（508万亩），造成直接经济损失127亿元。其中，在江垭水库防洪保护区内受灾人口18.8万人，倒塌9.6万间，溃决堤垸16个，淹没耕地1.55万hm2（23.3万亩），直接经济损失32亿元。

澧水流域1998年洪水主要来自干流上中游，溇水当年洪水不太大，江垭坝址最大洪峰3900 m3/s，大坝拦洪，由导流洞下泄1680 m3/s，削峰率达57%，正在施工中的大坝为下游慈利、石门等地发挥了很好的防洪减灾作用。这是实现江垭大坝加高建议的最好机遇。长江委和澧水公司主要领导，从防洪减灾缓和防汛抢险压力的角度上一致赞同将正在施工中的江垭大坝加高超蓄，为防洪留出更大的安全运用余地。

1996年沅水、资水大洪水，在防汛抢险极度紧张的关键时刻，为了确保常德、益阳城市及相邻区域数以百万计人民群众生命财产的安全，做到万无一失，不得不抬高五强溪、柘溪水库的临时蓄洪水位削峰，虽取得了显著的防汛抢险效益。但是，背离了两座大坝在高洪水位挡洪控泄非设计条件的调度，建筑物处于低于设计安全标准状况运行，风险与责任重大。深刻领会1998年洪水的警示，并吸取1996年五强溪、柘溪二水库的超蓄经验与教训。因此，下决心对正在施工后期的江垭大坝适当加高，以满足将来超蓄防洪时的安全要求。(www.daowen.com)

1998年10月，澧水公司邀请公司顾问上官能和湖南省水电院有关技术人员，根据业主提出加高的原则，在湖南省水电院初拟大坝加高报告的基础上，在北京进行了多种调洪演算，选定了大坝加高3m的方案，商定了大坝加固补强措施，编制了补充工程概算。该方案得到中国国际工程咨询公司专家们的咨询与认同。该成果资料，由湖南省水电院于当年10月编印上报了《江垭水库提高超蓄能力工程措施专题报告》（简称《专题报告》）。同年11月该报告通过国家防总和水规总院认可，很快获得了水利部和国家计委的批准，增列概算，并于当年冬季付诸实施。