两汉之后中国历史又进入了一个动荡分裂的混乱时期，政权体制的分崩瓦解也打破了官方意识形态的垄断格局。魏晋时期佛道大兴，儒学失势，与墨学一同复归到在野的地位，如南朝葛洪在论道家兴起时所说：“道者，儒之本也；儒者，道之末也。先以为阴阳之术，众於忌讳，使人拘畏；而儒者博而寡要，劳而少功；墨者俭而难遵，不可遍循；法者严而少恩，伤破仁义。唯道家之教，使人精神专一，动合无形，包儒墨之善，总名法之要，与时迁移，应物变化，指约而易明，事少而功多，务在全大宗之朴，守真正之源者也。”（《抱朴子·明本》）葛洪把道家推到万家之本、众说之源的地位，认为道家思想“包儒墨之善，总名法之要”，精神合一，动静无形；变化出神，事少功多，故“黄老执其本，儒墨治其末耳”（《抱朴子·明本》），道家乃学术之集大成者。葛洪还将道学相较于汉代鼎盛时期的儒学；“或问曰：‘道之为源本，儒之为末流，既闻命矣，今之小异，悉何事乎？抱朴子曰：‘夫升降俯仰之教，盘旋三千之仪，攻守进趣之术，轻身重义之节，欢忧礼乐之事，经世济俗之略，儒者之所务也。外物弃智，涤荡机变，忘富逸贵，杜遏劝沮，不恤乎穷，不荣乎达，不戚乎毁，不悦乎誉，道家之业也。儒者祭祀以祈福，而道者履正以禳邪。儒者所爱者势利也，道家所宝者无欲也。儒者汲汲于名利，而道家抱一以独善。儒者所讲者，相研之簿领也。道家所习者，遣情之教戒也。夫道者，其为也，善自修以成务；其居也，善取人所不争；其治也，善绝祸于未起；其施也，善济物而不德；其动也，善观民以用心；其静也，善居慎而无闷。此所以为百家之君长，仁义之祖宗也，小异之理，其较如此，首尾汙隆，未之变也。”（《抱朴子·明本》）葛洪讥笑儒术经世济俗、汲汲名利，拘泥于凡俗人生；道家返璞归真、无毁无誉，济物而不德，居慎而无闷，为“百家之君长，仁义之祖宗”。葛洪既然视道家为人类精神和智慧的巅峰坐标，自然会对弃道而从儒、墨者大加鞭挞：“老子既兼综礼教，而又久视，则未可谓之为减周孔也。故仲尼有窃比之叹，未闻有疵毁之辞，而末世庸民，不得其门，修儒、墨而毁道家，何异子孙而骂詈祖考哉？”（《抱朴子·明本》）葛洪认为道家乃百道之门，对于道学孔子尚且仰望，不敢妄加论议，后世庸众不得其道，“修儒、墨而毁道家”，这无异于欺师灭祖，大逆不道。

葛洪既谙道家神仙方术，自己也修习玄静，服食养性，著有《神仙传》，传中亦载墨子事，不过传中的墨子已被改造为一求仙慕道的方外之士：“墨子者，名翟，宋人也。仕宋为大夫，外治经典，内修道术，著书十篇，号为墨子，世所学之者，与儒家分涂。务尚俭约，颇毁孔子，尤善战守之功。”这里描述的还是世间墨子的形象，接着葛洪就加以改造：“墨子年八十有二，乃叹曰：‘世事已可矣，荣位非可长保，将委流俗以从赤松游矣。’乃谢遣门人，入山精思至道，想像神仙。于是，夜常闻左右山间有诵书声者。墨子卧后，又有人来，以衣覆之，墨子乃饲之。忽有一人，乃起问之曰：‘君岂山岳之灵气乎？将度世之神仙乎？愿且少留。诲以道教。’神人曰：‘子有至德好道。故来相候，子欲何求？’墨子曰：‘愿得长生，与天地同毕耳。’于是神人授以素书朱英丸方，道灵教戒五行变化，凡二十五卷，告墨子曰：‘子既有仙分，缘又聪明，得此便成，不必须师也。’墨子拜受。合作，遂得其效，乃撰集其要，以为五行记五卷，乃得地仙，隐居以避战国。至汉武帝时，遂遣使者杨辽，束帛加璧，以聘墨子，墨子不出。视其颜色，常如五六十岁人，周游五岳，不止一处也。”或许因为墨子学说中的天志、明鬼思想，葛洪把他拉入神仙序列，改造成一位弃绝世务、潜心道术、欲求长生而从赤松子游的隐逸高士形象，墨子最终修成地仙，历经秦汉之世，不就汉武之招而神游五岳而去，这与历史上摩顶放踵的意志型墨子形象相去甚远，自然不足为信。

南朝文论家刘勰主要是从文体风格方面评价墨子，其《文心雕龙·诸子》篇曰：“墨翟、随巢，意显而语质。”这是就墨子著述的文学风格而言的，认为墨子为文意显而语约。但刘勰《文心雕龙·诸子》篇亦论及各家学说要旨：“逮及七国力政，俊乂蜂起。孟轲膺儒以磬折，庄周述道以翱翔。墨翟执俭确之教，尹文课名实之符，野老治国于地利，驺子养政于天文，申商刀锯以制理，鬼谷唇吻以策勋，尸佼兼总于杂术，青史曲缀于街谈。承流而枝附者，不可胜算，并飞辩以驰术，餍禄而馀荣矣。”刘勰总括各家学派，指出战国时期英才辈出，孟轲信奉儒学，谦恭地与王侯周旋；庄周阐述道家，任意驰骋；墨翟坚守俭朴节用之说；尹文研究名实之学；野老从地利角度研究治国；邹衍以阴阳五行附会政治；申不害和商鞅用刑罚来安定秩序；鬼谷子靠口才立功；尸佼综论各家学说；青史详记民间谈论。以后继承他们的人如枝附干，不可胜数。这些人大都以雄辩之术广大学派，博取厚禄。另外《文心雕龙·奏启》又曰：“墨翟非儒，目以羊彘；孟轲讥墨，比诸禽兽。《诗》《礼》、儒、墨，既其如兹，奏劾严文，孰云能免。”刘勰以儒、墨互相攻讦之尖刻来比附弹奏文的文风，他说墨翟非儒，称之为公羊和大猪；孟轲讽墨，比之为禽兽。《诗经》《礼记》、儒家、墨家，尚且如此，严峻的弹奏之文，又怎能避免语词的苛刻？刘勰认为奏书文辞也要严峻有力，“不畏强御”，写得像笔下生风、纸上结霜那样劲厉。(www.daowen.com)

魏晋时期有关墨学的评著尚有鲁胜的《墨辩》，惜其不存。《晋书》本传载：“其（鲁胜）著述为世所称，遭乱遗失，惟注《墨辩》，存其叙曰：‘名者所以别同异，明是非，道义之门，政化之准绳也。孔子曰：‘必也正名，名不正则事不成。’墨子著书，作《辩经》以立名本，惠施、公孙龙祖述其学，以正别名显于世。孟子非墨子，其辩言正辞则与墨同。荀卿、庄周等皆非毁名家，而不能易其论也。”“《墨辩》有上下《经》，《经》各有《说》，凡四篇，与其书众篇连第，故独存。”（房玄龄《晋书·列传·第六十四章》）鲁胜关注墨家辩术，认为孟辩同于墨辩，但因资料缺失而难成定论。

墨学在南北朝时期更趋衰微，“由魏晋的道、释并兴，儒、墨并衰，到南朝的视墨为道和北朝的儒术独尊，墨学从此走上了沉寂。所谓沉寂，即墨学失去了在战国时期的与儒学‘并显’，在两汉时期的与儒学并称，但并没有因此而中绝，在学界士人中仍有对墨子和墨学的评说”^[18]。