在文化方面，余家菊晚年致力于中国文化要义的总结和阐释。从内容上看，他之中国文化不仅有中国传统的儒家与佛教文化，还包括西方的科学与宗教。从动机而言，他从儒家固有的学术影响世风的思路出发，希望通过融贯中西之学来改变世运，故学术与世风的关系成为他晚年最主要的关怀。

儒家向来强调政教合一，主张通过教育以提升人的道德良知，从而化民成俗，形成良好的社会风气，进而改善政治和世运。在儒家看来，制度往往是消极意义上的接受，而风气才是积极的感化，其作用较为长远，故自古以来的儒家都肯定风气是统治社会的一个重要的力量。孔子就曾说过：“君子之德风，小人之德草。草上之风，必偃。”（《论语·颜渊》）朱子也曾说：“今世有二弊，法弊时弊。法弊但一切更改之，却甚易。时弊则皆在人。人皆以私心为之，如何变得？嘉　间法，可谓弊矣，王荆公未几尽变之，又别起得许多弊，以人难变故也。法弊易变，时弊在人。人之难变，以其心术本领之不易变，如此则仍须回复到理学家所讲之义理。”^[19]朱子用义理之学来改善“时弊”的实质，说到底还是希望通过提高人的素质来改善社会风气。(www.daowen.com)

在余家菊看来，近代中国更重要的问题是“时弊”，故其思路是用学术改善风气，用风气改变“时弊”。他说：“学术与风气是互为因果的。学术可助长风气，风气依赖学术之支持。风气如能得理性之支持，将更有益于社会。学术与风气，均为时代意识之产物。学术纵有价值，如不为时代意识所容，亦不能发扬光大。风气更不能离开时代意识的范畴。”^[20]