抗战期间，随着佛学修养的增强，余家菊开始对宗教的态度有所变化。他对宗教态度的变化是从北伐战争后期对佛教的体验开始的。大学时代，他曾读过一门印度哲学《大乘起信论》，但没有什么心得。1929年，他随孙传芳的军队撤至沈阳，湖北宜昌的陈圆白感于余家菊当时颠沛流离的处境遂寄送一份真言宗的密咒，叫他每日早晚各念108遍以耐孤苦。余家菊此后照陈氏的话去做，发现于精神的安定确属有益。

20世纪30年代初，余家菊在北平与陈圆白过从较多，受其影响，开始有意识地接触佛教知识。不过，此时他对儒学的理解显然属于初级的“格义”层次，认为佛家的三心即大悲心、大智心、大愿心类似儒家之知、仁、勇，而五誓即愿度众生、愿集福智、愿学佛法、愿事如来、愿成正觉与儒家以博施济众为中心的“仁”相近。又把悲华经中“一心愿取种种庄严诸佛世界，亦为调伏一切众生”与儒家三月无君则吊之义等同。他还把佛家的忍辱婆罗密，与儒者反己之理相比拟。

1933年初夏，班禅国师在杭州开时轮金刚法会，余家菊受邀参加。时轮金刚属于密宗，他对其义理并无多少了解，只是按照陈圆白的教导将其作为修身养性的一种手段。他在30岁以后，逐渐知道人们的认识受支配于性格，性格不中正，认识难正确，要陶冶性格必须把心境打扫空空洞洞，而念咒的功能与儒家理学主静颇类似。他体会道：“（念咒）使此心专注在不起复杂联想的单纯声音之上，对于澄思静虑是有助益的。在无思无虑的情况下，我们的好性格就可萌动。况且声音是心境的表现，又可以陶冶心境，大哲所制的各种咒语，各代表一种高超的心境，将表现此种心境的声音提供到耳根，由耳入心，由心制行，确实是很合理的。”^[90]时轮金刚经的四个咒语使他受益匪浅。不过，这个时期，余家菊在内心深处未将佛教作为信仰看待，只是将其作为修身的一种手段或工具而已。如一日读唐裴休发菩提心文，“顿觉清醒，从来为己之意澌灭，而为人之意猖獗，可耻”^[91]。在日记中他一再指出：“佛门有修习大威德之说，予当仅志之。”^[92]又如：“所谓大慈悲心者，乃是舍弃一身，供养万人之谓也。我犹恨恶人之相欺、相凌，是犹未免我见也，宜力祛之。”几日后，他又在日记中记下：“少慕张子房纳履而不以为辱之义，长知佛家忍辱婆罗密，与夫儒者反己之理，顾计较是非之心，终不得尽。今后当发誓，纵截我肢体，毁我名望，亦当忍受。”^[93]此时，他对佛教活动的介入只是参加其理智所许可的部分，但理智的认识即便为真，尚而养之以使其纯，否则终不能深入自得之境，故修持工夫有其必要。在余家菊看来，宗教中的一些方法如祈祷、默念等，就有其功用。总体上，30年代，余家菊认为信仰须建立于理智之上，但在修持方法上他一反20年代对宗教的方案，而认可宗教的修养功能。他说：“宗教家的特别修养法，是依恃外力的挟持、鼓励和慰藉。如忏悔、祈祷，都是此意。而宗教家又常常举行群集礼拜与宣道，用集团的暗示和音乐仪式以警策身心，也都是有效的方法。我不是宣教师，我亦不是任何严格意义下的宗教徒，我不过实行过宗教的修养法，具有若干的宗教经验。”^[94]他还参酌宗教哲理，拟定仪轨如下：“念词。祈请至大天尊洪惠加身，启予灵性，助予刚正，成就艰巨，利济群生。念前、后，俯首，两手合作双十结。每次念七遍，以一字为一小逗，每句曳尾声。”^[95]不过，对佛教初步的了解多少使他对宗教的看法有了微妙的变化，至少使他对宗教逐渐产生了一定的兴趣。抗战期间，余家菊在学术方面主要从事儒家文化的阐释，在社会活动方面主要是参政议政，尚无暇问及佛学。

30年代之后，余家菊从对佛教修行的体验中，逐渐对宗教的价值进行肯定，因之对基督教的态度发生了一定的变化。以前，他站在国家主义的立场上反对基督教，现在则发现国民宗教也有统一的作用。他说：“西洋中古时代，宗教情感结合了各地的基督徒掀起了亘古未有的宗教战争——十字军役。便是现代的犹太民族散处世界各地，依靠著他们共信的犹太教，依然能保持其民族的团结！这些都可以证明宗教的统一作用。”^[96]而中国人素来宗教意识淡薄，虽然流行若干宗教，但超个己利害的热烈信仰不甚兴盛，公共集团的教义也不甚流行，能震荡国民共同情操的，很欠力量，再加以宗教的分歧和知识阶级的漠视，中国的宗教实在不足以振奋国人。(www.daowen.com)

他还从耶稣基督的精神中发现了比儒家思想的高明之处。以前他感到，人生受理智指导较为安全，像孔子之老安少怀，孟子之人溺己溺，佛之布施，都是服务之意，但这需要靠深思明之，故只有极少数人能做到；而耶稣基督代人赎罪，最能表现服务精神，且其得之于信仰，有信仰者，宜善为执持，故无高等宗教之国民，其精神必感苦闷扰攘。他以为，为学做事，皆须有做人的精神，而做人的标准则在服务，耶稣基督的牺牲精神，正为吾人所宜效法，做事时当宜用宗教的方法，以增加勇气。这与梁漱溟曾说的做事要有宗教家的精神相同。余家菊这是从道德角度认识宗教的价值，他没有清楚地意识到宗教信仰和宗教道德有所不同，而同时期的新儒家代表人贺麟就比他认识深刻，贺麟说：“又宗教与道德皆同为善的价值之表现。但宗教所追求者为神圣之善，道德所追求者为人体之善，宗教以调整人与天的关系为目的，道德以调整人与人的关系为目的。”^[97]

抗战结束以后，他得以有暇从事佛学研究，开始了解宗教对于社会的重要性，进而用佛学义理来分析中国社会情势。他指出，中国社会之患在巧言、大言、诳语和妄语，纠结不可爬梳，而又人心执迷，非言语所能启示，故言之无益。他建议，根本之道当从因上致力，如从结果上计较则徒滋纷扰，时人今后言行当秉种因不论果五字^[98]。他读般若纲要，发现所言与《般若婆罗密多心经》相类，皆发扬色不异空、空不异色、色即是空、空即是色之说，其教人在以无所得而为方便，具体表现在布施、忍辱，皆当以不着意之态度出之，一旦着意则重心落在着意之上，而非为善而行善，所以自我宣传与夸张之类，皆当摈弃。这显然与儒家的尽性说相类。对于证道歌中的前四句——寂学无为闲道人，不除妄想不求真，无明实性即佛性，幻化空身即法身，他认为这与儒家理学中太极生万有的说法有相似之处，同是祛玄虚、不务实、偏执不圆融之病。在他看来，佛的觉悟境界是普照圆明、含摄万有、绝言说、离思议，故佛教只能建立于信仰之上；佛性即真如实性，其慈恩与伟力无边，人如求之，必摒除妄念，只要有信心，人即可达佛的境界。