青年党对国民党的态度是进行较为温和的批判。曾琦认为，国民党既以“三民五权”的旗帜号召，姑不论其所标内容如何，要可谓能尽政党之本职，故寄予相当之同情。只是就其所发表的言论，进行善意的批判。在实际政治操作中，国民党在护法战争以前，对内之态度较强于对外之态度，国民党之二次革命、护法运动俨然有与军阀对垒之势，其态度鲜明而强劲。但在对外方面，国民党则时有信使往来东京，求援仇国，颇违民意。之后又与段祺瑞联手，对内态度由明转暗。陈炯明叛乱后，孙中山的对外态度由弱趋强。国共合作以后，国民党发表对时局的宣言，称“必倒帝国主义，始绝军阀根据”，其对外重于对内，所标政纲与青年党的国家主义与社会政策相似，理论上青年党应表同情。但在实践上，该党却既联皖段，复结奉张，与军阀为缘；既推翻帝国主义却与日本往来不断，所标甚是而所行则非，手段与目的相反。余家菊认为，对内宜与一切军阀断绝关系，专力于民众组织；对外宜与一切列强断绝关系，丝毫不假外援，即实行“对内的非妥协主义”与对外的“非亲善主义”。

余家菊早年曾赞成辛亥革命，故对国民党人并不反感。留学回国以后，随着国共合作进入实质阶段，余家菊对国民党的态度发生变化。

孙中山在晚清宣传民族主义时，曾指出民族和国家的区别。他说：“民族是由天然力造成的，国家是用武力造成的。自然力便是王道，用王道造成的团体，便是民族，武力就是霸道，用霸道造成的团体，便是国家。”余家菊认为，民族主义已不合时宜，孙只看到了手段上的差别，并未看到其目的所在。国家之使用武力，实为维持国民之生存，如此强力，应算王道中应用之事，国家使用强力只是自卫，即防内乱、御外侮，绝非帝国主义之使用武力实施侵略；而民族主义只能保种，不能保国。民族主义还会制造国内各民族的纷争，辛亥革命应是革清廷之命，而非革满人之命，鼓吹民族主义，会导致少数民族有离异之心，减弱国家的凝聚力，于列强有利。尽管孙中山一再强调民族主义实非狭隘的种族主义，但民族主义在名称上的确会使人产生误解，余家菊的提醒确有道理。

他认为孙中山的民族主义有两大弊端：其一，扶弱锄强需要实力，弱国于国内事且不能了，焉有余力相扶。此外，苏俄是强国，并非弱国，联俄之作用，实为假外力以解决国事，故联弱锄强实乃欺世之谈。余家菊一贯认为，对付强者乃强者之事，但据此而反对扶弱助强实为不妥。在事实上，当日本侵略步步紧逼之时，余家菊曾义无反顾地向蒋介石建言，力主抗日。(www.daowen.com)

对于民权主义，他不以为然。他用全民政治反对民权主义。他认为，国家是全国国民所共有，政治应该全民共同参与，国民党既主张民权主义，然又实行一党专政，一切权力属于党，凡反对其者动辄名以“反动派”“反革命”予以打压，唯有党权，当无人权，更无民权。

对于民生主义，余家菊认为孙中山仅靠累进所得税法去节制资本，根本就行不通，因西方已有成例在，但他自己并未提出切实的办法。

整体上看，余家菊与国家主义派对国民党进行的是“善意的批评”。1925年冬，余家菊去上海拜谒北京高师时的老师陈宝泉，并请陈出面缓和国家主义派与国民党之间的敌对关系，可见，他虽不满意国民党，然觉得国青两党尚有缓和的余地。国共分手以后，随着国民党政府对青年党打压的缓和，尤其是日本的侵华之后，国青两党最终成为体制内的友党。