乡村教育一直是余家菊关注的教育问题之一。早在新文化运动期间，他曾结合武昌地区教育的实际情形指出乡村教育面临相当的危机。中国传统社会的重心在乡村，传统教育本质上是一种乡村教育。近代以来，随着工业化的发展和城乡差距的扩大，都市的教育突飞猛进，故在一定程度上可以说近代教育实质上是都市教育。近代中国步西方的后尘，都市教育的发展与乡村教育的落后形成鲜明对比。新文化运动期间，一些有识之士目睹乡村的落后，大声疾呼，力求乡村的改进，从而形成所谓的乡村运动，不时有“到乡村去”“到田间去”的呼声。时人对乡村的现状不容乐观，不少人意识到中国社会的危机就是乡村的危机。从教育上看，他们认为近代中国的乡村教育有落后、不经济（用费大而收效小）、都市化的问题。从社会层面看，昔日传统社会，乡间士人进则有事于庙堂，退则伏居山林，乡间颇不乏读书明理之士；然近代以来，乡人则群趋于都市，任公职者免官后寄居于城市，一般中学毕业生皆不愿回乡，乡村则失去领袖人物，存留于乡村者大多能力低劣，乡民失其矜式，公益失其提携，乡村不免濒临崩溃，乡村与都市已成两相对垒仇视之阶级，乡村的衰落足以动摇整个社会。经济上，农民生活困苦，多数堕入贫困线以下，卫生条件极差，生活单调枯涩。从政治上看，农民占人口中的绝大多数，要建立民治必须动员广大农民，但乡村政治为财阀豪强把持，农民不谙民主政治，对政治抱冷漠消极态度，虽受尽剥削摧残，而听天由命逆来顺受，要建立民治的真正基础，必须对农民进行政治启蒙。晚清中国开始学习西方创办新教育之际，各县已有农业小学堂的创立，然主要流于形式。新文化运动期间，随着西方新思想的进入和日本新村主义的传播，乡村运动成为时潮，周作人提倡新村主义，匡务逊创办立达学园，还有平民教育促进会致力于乡村运动，余家菊也是在此时关注乡村教育。上述人士不论立场怎样，但都较为重视乡村教育，说明时人普遍意识到，对农民的启蒙是乡村运动的根本立足点。

余家菊认为，产业革命以后，各国人口有集中都市的倾向，乡村人口日益减少，乡村日益衰落，民间风化亦随都市化的加剧而渐趋堕落，作奸犯科之事日益增多，人与人的情谊日益淡薄。中国要避免此现象，应一面改进乡村的物质生活与娱乐，一面宜养成人民乐居乡村的心理，以为乡村保留人口，进而使城市与乡村保持较为均衡的发展。勿使经济的基础、良风善俗的渊源破产。要制定有利于乡村人民的学制。他建议，第一，在阶段划分上，应设置便于乡村的学校：小学仍定位为六年，12岁以下学生学习。中学定为四年，12岁到16岁学生学习。大学定为三至六年，随其科别性质而伸缩。小学由各学区设立，中学一县最少设一所。大学一省须设立一所，而且应逐渐广设乡村分院。第二，应针对乡村实际，建立一套辅助学校系统，使乡民有机会继续享受教育的机会。辅助学校分为三级，一级学校由受完义务教育而未修完小学课程者学习；二级辅助学校与中学平行，由小学毕业而不能进入中学学习者入之，其程度与中学相等；三级辅助学校与大学平行，由修完中学课程而不能肄业大学者入学，其程度与大学相等。一级辅助学校附设于小学，二级辅助学校附设于中学及其他适当机关如图书馆、科学馆之内，三级辅助学校附设于省立大学乡村分院。第三，各级学校新生入学，应废除资格证书的限制，只需评估能力，而不问资格证书之有无。资格证书是贫民升学之最大障碍，故须废除，如此，教育可期平民化。第四，允许私家教授。凡具有教授大学课程能力且合于一定条件者，大学可承认其具有教授某种学科之资格。凡从其学习该科者，与在大学中学习该科者具有同一之效力，凡大学生修习该科所享受的权利，一概都得享受。按照他的设想，医院的医生、农场的技师、优秀的中学教师，都可兼任私家教授，人民随处可以学习高深学问，庶几讲学之风可以普及于乡村。

近代中国国穷民困，教育经费十分短缺，乡村教育更甚。乡村教育的经费来源一般有四项：一是固有的公共款产的移用，二是捐税，三是国家补助，四是学费。固有公共款产的移用，已成民初以来国内的通行政策。如各县原有的学田，事实上多已变为各县的教育基本产业。传统社会的学田，用意多在补助贫寒子弟，并非为维持学校的运转。余家菊指出，筹费于学田本为一种近视政策，以后应恢复其原来用意，仍将学田收入作为资助贫寒子弟的升学费用。对于有将族款自动提作教育经费的政府应予褒奖，但政府不能强迫提取族款。他建议，对寺庙收入应课以高额所得税，以补助于教育。地方上的公共山林水利所入，可视为地方营业所得税一种，应可划为地方教育经费。捐税的征收应当遵守一定的规则，其负担应以纳税者的能力为上下。学费方面，受初等教育，有利于公共利益者大有利于私人利益者较小，故小学应采取免费制。受高等教育者有利于私人利益者极大而有利于公共利益者小，对高等教育者应采取收费制。余家菊对五四以后国内大学生倡导的免费运动不以为然。他认为，免费属于享受一种权利，即由国家收入中提出一部分以付还给受免费者，同时更从人民负担中提出一部分以弥补由免费而生的亏空。如无力纳学费可动用公众款项，那么垂死于饥饿之下的难民更有优先动支公款以救济其生存。

他主张，乡村初等教育即小学教育阶段，应实施义务教育。义务教育为推行民治的必备条件，义务教育不能普及，不转为独裁专制，便酿成暴民乱政。中国失学儿童约占全部学龄儿童90%。初等教育应由法律规定为义务教育，人民有受教育的义务，政府有设教育的义务。既经规定为一种义务后，地方当局不能忽视，父母有送子弟按时入学的义务，否则法律予以惩戒。欧美国家义务教育的年限一般为8—9年，我国因财政困难可规定为4年。(www.daowen.com)

余家菊指出，乡村学校在编制学级人数时不可太多，太多则教师的注意不周，一级40名最为合宜，最多60名；也不能太少，太少则学生品类单纯不能构成一真实的社会，相互之间的刺激简单不利于学生的身心圆满发展。乡村高级教育，即初等教育以上的一切教育，凡中学教育、大学教育都包含在内。当时学生一受高级教育（毕业于中学、大学），即希求厚禄高名，衣轻策肥，而不肯俯首下心从事工作，更遑论乎耕作，社会遂视高等教育为流氓制造所。他认为，乡村教育的目的是启发乡村人民，繁荣乡村经济，促进社会进步，巩固民治基础，仅靠初级教育很难实现。因小学之所教授，只是有关人生日常生活的低级工具与粗浅常识。初级教育的实施，正当年龄幼稚之时，心智尚未充分发育，对于社会生活中的理智成分很难有适当的了解和控制，初等教育只是一种基本教育。

余家菊认为，民治社会的建立和农业生产的发展均赖于乡村的高等教育。要发展乡村的高等教育，中学应改变省立政策为县立政策，已有的省立中学当求改良完备，作为中心学校，在过渡时期应用作乡村高等学术的广播所，往后不当新设省立中学，即以添设省立中学的经费作为补助各县教育经费之用，从而改变教育中心偏于都市的倾向。关于高等学校的设置，应将全省划作若干区，每区设立乡村学院一所，或省立大学乡村分院一所，由省政府主办；或将现存省立中学之不在大都会者改良整顿，使之变为乡村学院或省立大学分院。乡村学院作为启发和繁荣乡村的中心指导机关，具有农学院性质而又不同于农学院。农学院侧重农业的研究，乡村学院则于政治、经济、社会、文学莫不教授研究。乡村高级学校在课程设置上要注意适应乡村的需要：如在国语课上要充分注意内容的吸收，对于文法、修辞这些形式上不必讲求；此外，史地、政法、经济、数学、理化、生物、农业、体育、图画等诸科，要注重实用。外语在乡村中学教授一学年，使学生明了西方语言文字的大概，以开拓其心胸，从第二年起，当改为选修课，乡村学院中的外语也应为选修课。课程的编制，调和于实用主义与自由主义之间，于自然学科、人本学科、艺术学科各予以适当的地位，课程配置经济而又均衡。乡村学院的课程，将科目分为文史组、社会科学组、自然科学组、农学组、艺术组五组，农学组为基本必修科，第二、三组任选一组为辅助必修科，第一、五组为选修科。余家菊指出，乡村高级教育为培养乡村中坚分子之机关，乡村教育的目的能否实现视乡村高级教育之是否有效。他主张，要打破时人那些白领欲望、长衫思想，进而提倡培养一种“农夫的身手、科学的头脑、艺术的兴趣、改进社会的精神”的新式乡村教师，这种乡村教师要“拿起锄翻土，放下锄研究，扛起社会的担子，站在农人前面走”。