西方实验科学给余家菊提供了方法上的典范，但科学精神、态度的养成仅仅靠方法上的借鉴显然不行，必须要以国家的教育制度为载体才能实现。为此，他对英国教育制度进行了关注，并用比较的眼光探讨中西教育制度的异同。通过对中英双方在中学学程的设置、大学入学考试制度等方面的比较，他指出：中国人的科学精神与态度的养成必须要在教育制度上进行改革。他指出，国内教育界对于学程的拟制一般不出两途：一种是学程多而范围广，一种是学程多而范围窄，前者的问题是学生忙于吸收而不暇消化，后者的问题是学生知有己而不知有人。他说：“现时我国编制学程之最大牵制，是每个学科不列入功课表而已，一经列入，至少就延续一年，每周之内至少要占两小时。”他以英国学校经验为蓝本，指出学程的编制应按“从普遍中求精一”的原则，学程的数目无妨多，范围亦应广，只是各学程所占的时间不可过久。他主张我国中学学程应以半年为单位，每周一小时即可，于各科皆只求其大纲而不必要求每人都习其细节。

晚清时我国学校学程配置，大都用直进法，新文化运动时期混合教本之说又一度流行。他认为，仅仅混合，不足以尽其能事，应于混合之中存演进之义；因混合而不得当，就成为杂乱而无条贯，失却联合之原意，而前后重复而无生气，又会减少研究之兴味。他举例说：“（英国）好几个学校，他们的学生讲植物能实际的试验进化论，讲化学能遍述瓦斯工厂之各种经营法，俨然是一个学者或工程师的派头。考其原因，他们的学程编制，都是于第一年使学生学得生物学或科学的轮廓。第二年于此轮廓中择其一部而为细密的学习。第三年只择几个重要的问题而为深沉的研究，他们名之为研究工夫（Research work）。……到了第四年，教师从原理上又将学生引导着去探视学海之汪洋。”在他看来，英国中学生由于在学程编制上实行了“中学之大学化”，所以他们的中等毕业生，已经领略过学术的真义，于研究的方法确已有几分把握。而国内中学，他以博物学科为例说：“第一年是入生理的门，第二年是入植物的门，第三年是入动物的门，第四年是入矿物的门。有时毕业期到了，学科教不完，于是连门也入不成。永久在入门之尝试中，哪里能来透彻的知识吗？”他认为，这四门功课，只有材料上性质的差异，而没有分量上程度的深浅，四年下来，学生始终在一个入门期内打转，难以进行深彻的研究。他说：“科学的态度与精神，使学生不从事深彻的研究，专教点科学方法论，绝然无益。”他的建议是：初级中学课程要普遍，范围多广，要有关于基本知识，不要太难，16岁前不能从事专科，到了高级中学阶段，学程应该逐渐发展，即采取演进法：由轮廓而及其详节，由大纲而及其细分，由广处而及其深处，也就是说，在初中阶段应“重视面的涉猎”，在高中阶段应学习英国那种注重“一条线上的深入”。

但学程的分级只是解决了学习中知识深浅差异的问题，这还不够，因前后的学习尚需一贯的精神，为此必须在学科内容上进行整合，他建议实行“分组制”。他指出，中国在科学教育方面，“于博物则使学生于植物、动物、矿物都须知道一点，于科学则于物理、化学都须知道一点，于史地则古今中外无不通晓；结果呢？外貌是百科全书的教育，实际是就等于制造字纸篓而已”。他提出“分组制”的大致思路是：按学科性质或内容分为：国文、外语、自然科学、社会科学、职业学科、艺术学科，或科学组、手技组、数学组、语言组，各组皆定一最低标准，未达到者，不得选修别的功课，同组之内有选修的自由；实行分组法，学生于第一年对该组学科知识应有一种轮廓的知识，习其大纲要节，第二年再偏重一方，后面几年，学生可以根据自己的志愿与兴趣进行较深的学习。他认为，真正的科学知识都是自己研究的结果，“不行分组制，就没有真正的研究之可能，亦就没有产生真知识的余地”。(www.daowen.com)

然分组制的最大难关是大学入学考试。他批评中国现行的大学入学考试，“是以百能责望于中等学生，是制造浮浅简陋的总机关”^[43]。因为它要求中学生对于植物、动物、生理卫生、代数、三角、几何、中国史、外国地理各门功课都要学习。而英国各中学将学科分为四组：人文、语言、数学与自然科学、职业（技艺、家政等），学生毕业时，除第四组外的其余三组要须及格就可，参加大学入学试验考试时，考试科目可自由选择。余家菊言外之意，主张中国应借鉴英国的大学入学考试。