中华大学毕业之后，余家菊与恽代英在校长陈时的邀请下任教于该校中学部，恽代英任中学部校长，余家菊为学监。1919年五四运动爆发，武汉地区的学生因受时局刺激，亦群情激昂。但在武汉地区的五四运动中，恽代英是积极的支持者和发动者、组织者，余家菊则对学生运动从一开始就保持一定的距离。也正是从五四运动起，两个同窗好友便渐行渐远。

五四之前，武汉各学校在管理方面多取放任主义，学生待教师毫无礼貌之事常见。在余家菊的记忆中，学生们对校务多取干涉态度，常常责备教师之不良。其实不是所谓“教师不良”，而是学生标准太高，则多失望。不少人对学校的情况颇多不满，学校时有骚动。骚动的原因在恽代英看来，主要有三个方面：“（一）由吾等既只求有益，不拘部章，故同学之理想乃有不顾事势，惟求有利必兴，有弊必革之概。（二）因吾等提倡权利思想，正当之权利思想吾等无以应之，而不正当之权利思想亦随之而发扬。（三）因吾力求与同学平等，不拘礼数，同学对于其他教师亦多轻忽不敬，致令教师多烦言，生他心。”^[13]余家菊与恽代英分别给学生做工作，希望同学明白凡事在进化之阶段中，自然不能尽善，故一方面相机改进，一方面善自利用，若急求之，必败事。

就在此时，五四运动爆发了。而武昌的学生运动与恽代英等人的组织鼓动有很大的关系。1919年5月6日，恽代英与林育南（香浦）、唐精义等人开始印刷爱国传单，传单上书：“有血性的黄帝的子孙，你不应该忘记四年五月七日之事”，“那在四十八点钟内，强迫我承认二十一条协约的日本人，现在又在欧洲和会里，强夺我们的青岛，强夺我们的山东，要我们四万万人的中华民国做他的奴隶牛马”，“你若是个人，你还要把金钱供献他们，把盗贼认做你的父母吗？”^[14]恽代英虽在理智上不愿学生趋于极端，他觉得真理常不在极端上面，凡事若趋于极端便容易失败；但在感情上，他又不能不支持学生行动，他觉得“学生若不说爱国话，便等于心死，若只说不做，是无真心无胆气的表现，学生若不趋于极端，则很难有真感情、真知识”。

5月7日，为“五七国耻”四周年纪念日，武汉各机关、学校为此放假一天，以示铭记国耻。其时，湖北当局早对局势有所准备，军警戒严。当日，中华学生收到时在北京大学读书的黄晓峰（绍谷）的来信，信中叙及北京学生示威及各界举动。林育南将黄的来信贴在中华大学的“揭示栏”上，以激发学生爱国激情，顿时学生情绪高涨，采取演讲、焚烧日货等各种形式发抒义愤。余家菊闻讯赶来，得知事情原委后，以学监身份劝告学生适可而止，并将黄氏的信撤下，结果激起了学生们的不满。其实，作为学监的余家菊，维护正常的教学秩序是其职责所在，加之中华大学是一所私立大学，出于对学校前途的考虑，对于学生的激进情绪他不能不有所阻拦；更深的原因是余家菊对于当时学生的态度大概与胡适相仿，以为学生的主要任务是读书，先把自己锻造成器，再谈报效社会，故力主“有秩序的行动”。事实上，他并不反对新文化运动和学生的爱国活动，此前他一直与恽代英积极参与各种社团活动。五四运动前两个月，他还为林育南等人创办的宣传新文化运动的《新声》杂志撰写祝词，他只是不大赞成那种社会抗议举动，这与他自小所受的儒家教育有关。

5月7日之后，武汉的学生运动规模扩大。5月11日，来自18所学校的学生4000多人行动起来，支持北京学生的爱国运动。恽代英谓此为“湖北学生界破天荒之大出风头也”。到6月初，学生活动愈益激烈，中华大学的学生动辄罢课演讲，越墙外出，校规渐归无用。余家菊一再劝慰，然无济于事，他与学生的关系也越来越紧张。与余家菊不同，恽代英对学生运动则积极鼓动，他为学生讲国事，勉励大家使用国货，指出国货虽有价钱贵、不经用、难得买、不好看等问题，但作为国民，要能吃亏，不能做拔一毛利天下不为的自私国民，要“舍得”才能救国；他还想编本书介绍远东现状，详叙日本对中日之间的交涉，以警醒国人。

恽代英对学生运动的态度是复杂的。一方面，他认为，少年盛气，总好做越范围事，激烈未必有益，故其希望林育南等学生辈不要只图一时自信。但另一方面，在政府昏庸无能、国人麻木的情况下，学生行动的确有其价值所在。当时，仁社成员张景武（字复初，湖北第一师范学生）来信，指责恽代英不该参与学潮，张氏之意与余家菊一样，认为爱国需要实力，中国目前实力不济，难以对日采取强硬政策，学潮更多只是国人维护颜面，非爱国的根本办法。恽代英则认为，学潮一事，应顺其自然即顺群众心理发展之自然并在可能的范围内予以扶助之。恽代英说：“山东交涉失败，而国民仍不觉悟，国亡不可立待乎？用何法唤醒国人？果全国立争，犹有侥幸之境。今日力持，犹有最后胜利之侥幸的希望。不然，山东问题从何方面，用何法挽救乎？假令全国由足下不顾面子之说，毫无举动（论实力，则吾国只有楚囚对泣，不应有所举动）。他国人能谅此系我国人之道德而相助，或甚至不致以我甘心亡国，从此任日人支配耶？”^[15]至于罢课、罢市虽对学生、工商界及一般平民颇生影响，但此次运动，一方面使不甚活动之有志者，渐进于活动，不甚切实之有志者，渐进于切实；一方面可以增工商界乃至学生之自信力，为平民政治进一步；可使有志者受一番强烈刺激，从生活中得到切实的觉悟；亦可使平民注意政局之腐败，而生不满现在之思想，此渐为革新之动机。(www.daowen.com)

对于张景武所谓有实力然后活动，恽代英则不以为然。他指出：假令中国如朝鲜，能望何日有实力乎？如等全国觉悟然后活动，实遥遥无期，何况教育权不在我辈之手，一切进行亦不自由，何时望全国觉悟？事实上，所谓全国觉悟，实世间所无之事，昔日英国革命、美国独立战争、日本明治维新，全国何曾觉悟？不过少数先觉之倡率而已。若待全国觉悟，然后活动，则世间一切革新之事，皆不应有。而罢课、罢市等群众抗议运动正为造实力促觉悟之途径，只是在人善用而已。他同意张氏所持学生界由于此次成功日后会轻用其力的忧虑，此诚可虑之事。但又谓在此天昏地黑之政局中，必限死决不再用此实验，殊为无理，而且决限止不住。恽代英认为，此等实验只可于国家命运或名誉有极大影响时用之，若轻用之，必致不能全国一致，且不能发生各界一致的同情，有损学生事业之能力与威严。

从五四运动中工人的加盟，恽代英看到了今日群众已渐有思想之觉悟，可不妨因势利导，只是做事要顺其自然，当非做不可时一定要做，然亦不必太勉强地做。他以为，学生平日研究政局真相，并以其真相告知一般社会，这是应该而且要紧的事，但此时他并不主张学生去革命，他似乎认可那种较为文明的即非暴力的抗议活动，正是这种非暴力抗议运动，是改造学生和国事的一种手段，可以锻炼人的合群能力、负责能力。但与余家菊相似的是，恽代英也担忧学生运动的发展，这也表明了余家菊、张景武等人对学生运动的顾虑不无道理。

余家菊所在的中华大学俨然成为武汉新文化运动和五四运动的中心，然由于恽代英、林育南等师生的激烈行动为当时一些老辈不满，1919年年底余家菊、恽代英相率辞职。次年秋，余家菊与陈启天应湖南第一师范之聘任职，但湖南第一师范教师思想更为激烈，学生行动尤为急进，该校在当时当地颇为人所注目，于湖南后来之文化运动及政治运动，亦不无影响。寒假将届，长沙各省立中等学校均因经费问题罢课，第一师范亦被牵及，复课无期，余家菊遂辞职。

总之，中华大学受学从教数年，余家菊因新文化运动的影响开始受到现代西方思想的洗礼，这个时期他的思想可以说是儒家与工读主义、无政府主义、社会主义、朴素的民族主义以及西方民主主义等各种思想的大杂烩。这个阶段，就思想而言，他还是一个受影响者，尚无自己独立的思想见解，其对中国传统与西方现代各种思想并无明确的价值判断。五四运动的爆发成为余家菊思想发展历程中的一个转折点。五四之后，一部分青年人受五四运动中学生运动成功的激励，信心大增，加之受强烈使命感与责任感所趋，进而走上政治革命的道路。余家菊虽受新文化运动中各种西方思潮的感染，然对社会发展持温和的稳健态度，主张从教育下手，进行缓和的社会改革。