1898年5月9日（光绪二十四年戊戌闰三月十九日辰时），余家菊出生于湖北省黄陂县木兰山南麓的大余家湾村。据史书记载，湖北黄陂自古以来地属荆州。春秋时属黄国之地，楚成王灭黄归楚。秦统一中国后，分楚国为四郡，黄陂属南郡。汉代时黄陂属西陵县，西汉末刘表为荆州刺史，因此地处长江、汉水之口，派黄祖于此筑城镇遏，故名黄城镇。208年，魏王曹操在黄陂置石阳县。南齐时，因此地为木兰故里，为纪念木兰遂在黄陂北部设置木兰县。579年（北周大象元年）改为南司州州府驻地，并置黄陂县，系合古黄城与武湖得名。唐初属南司州，为安昌郡郡府驻地。南宋理宗端平三年，寄治鄂州青山矶。元世祖至元十二年还旧治，属黄州路。明代，此地属黄州府。1729年（清雍正七年），黄陂改属汉阳府直至清末。

黄陂自唐宋以来，一直为人文荟萃之地。其中程乡坊为北宋程颐、程颢诞生之地，木兰山为木兰将军祠墓所在之乡，甘露山为明代黄武皋、黄武滨兄弟讲学之区，报慈园为孝子寻亲得遇之处。一般来说，山川清淑之地，其人必多秀良；山川奇险之地，其人必多英伟。黄陂的自然环境以及唐宋以来的人文环境孕育了此地淳厚的民风。据旧郡志记载，黄陂民皆劝农桑，寡游贩，浸慕儒术。北宋诗人苏轼亦称黄陂风俗尊德乐道，异于他帮。据府志称，此地地瘠民贫，近来风气渐薄，一切化质为文，然在三楚，犹有可风，途鲜游女与贾人，客过其都者，未尝见妇女面，惟朝夕勤纺绩而已。清咸丰四五年间，太平天国一部曾骚扰此地，百里之内一片瓦砾。然同治七年以后，此地较为安定。《湖北通志》称，清末时，黄陂士勤于读，农力于耕，犹有古风^[2]。黄陂因为物产丰富，水路交通便利，故自古以来商业非常发达。清末时，商人在湖北的社会地位很高，其地位足以与官绅抗衡。在科举方面，清朝中叶以后，尤其在嘉、道、咸三朝，湖北的黄州、武昌与汉阳府，为人才最多的地方。在汉阳府中，黄陂出的进士和举人最多。

历代史书所载的黄陂之民风乡情大致与余家菊的记忆吻合。黄陂在余家菊的记忆中确是一个温暖而宁静的传统社会，即便在武昌起义爆发之后，与武昌临近的黄陂似乎并未受到多大的干扰。

余家菊的家世有记载的当从明初的寿二公开始，相传寿二公在明朝洪武年间从江西宦游至湖北，此后定居于黄陂。虽然江西余氏自宋代以来，名儒辈出，不过，来湖北的这支余氏自明代以后鲜有人物。

余家菊的祖父余发，字献廷，为人机警、淳厚，年轻时曾在河南周家口做油坊生意，从而积累了一定的财富，壮年后余发回黄陂老家，开始置产造屋，并开办若干当铺、铺屋，资产大约银十万两^[3]。然余发非一般商人辈，其平生好读书，熟谙《朱子纲鉴》，能谈古代兴衰事，亦非一般宿儒。大体上，余发在黄陂是一名颇有威望的儒商。(www.daowen.com)

余家菊的父亲名学庸，字定侯，14岁时曾以邑首入武庠，善骑射，富膂力，能开重弓，提大石锁，玩重铁刀，学庸公对子弟管教颇严，常检点子弟。余家菊的大伯父，字清溪，曾中进士，富才气。他的二伯父，名奉先，为邑庠生，富理学气。可以说，余家菊生在一个家境殷实的儒商家庭。不过，他出生后，家庭出现了变故。在他出生五个多月后，其生母去世，由于家中老幼上下数代同堂，人口众多，祖辈无法照料幼婴，因此余家菊兄弟自小均被寄养在亲戚家。

余家菊最初寄养在乳母杨妈家，不久，其父另娶县城彭姓女子，因彭夫人与杨妈不睦，故小家菊又被寄养在长轩岭外祖母田老太夫人处。他的记忆也是从外祖母家开始的。外祖母来自黄安县西北乡四房　陈家，其家族系书香之家，多人曾获乡贡，有的甚至做过京官。长轩岭为当时黄陂至河南必经之地，在滠水西与木兰山隔河相望。余家菊在外家时诸舅已外炊分家，故小家菊与外祖母独住在南区小阜支祠，对面为木兰山。年幼的小家菊每日开门见山，凝立不动，视线宽阔，环境爽朗宁静。孔子曾说：“知者乐水，仁者乐山。”（《论语·雍也》）木兰山这种地理环境对于余家菊宁静的性格可能造成一定的影响。外祖母时近花甲之年，神情肃穆雍容，从无疾言厉色，亦无懈怠容态，生活清俭，起居饮食皆有常节，这对余家菊后来养成淡于物欲、节制嗜好的性格有一定的关系。

六岁时，小家菊回到自己家里，继母彭夫人那时已生数个子女，故对余家菊兄弟多有疏忽，时常受到家人的冷漠、歧视，甚或嘲骂，虽内心愤懑，然无处发泄，只好一切逆来顺受，极端沉默寡言，其亲族中曾有人称其为哑巴。这却与余家菊成人后对人直率坦白，不惜言辞，尽量表达自己意见的态度适相对照。

以上可见，余家菊幼时的家庭氛围属于讲尊卑、重教育的儒商之家。他曾说：“我的家庭以及幼年所受教育皆是谨慎厚重的一派，规行矩步，不敢轻于言语，妄谈世事。”^[4]而早年受继母冷遇的不悦经历与幼年丧母“为父妾所虐，备极孤孳苦”的谭嗣同很相似，但谭氏却较早就“私怀墨子摩顶放踵之志”^[5]，余家菊则与谭氏对传统儒家的态度截然相反，他对儒家传统可以说是从一而终，而谭氏于成年后则以冲决网罗为职志，这显然与两个人的性格有一定的关系。傅斯年曾经认为，童年时的家庭氛围对一个人的教育几乎具有决定意义，其影响可以持续到一个人完全成熟之后^[6]。傅氏的看法既适用于自己，也适用于余家菊。幼时谨严的家教对余家菊的影响实际上持续一生。当然，家庭对一个人思想的影响既有可能是正向的，也有可能是反向的。余家菊是正向的例子，而谭嗣同则是反向的例子。除过家庭之外，受学经历对余家菊思想的影响也相当重要。