生物反应器的实际布置形式可分为反硝化墙，反硝化床和反硝化层等不同的形式（Schipper等，2010）。为减少对田间作物可能造成的产量的影响，一般在田间排水管末端布置生物反应器，从而不需要在田间进行开挖、覆盖和破坏作物，因此由于生物反应器施工引起的作物产量影响几乎可以忽略。

但生物反应器在田间运行可能引起的一些不利影响包括：

（1）在安装以后的初期，可能会引起排水中的水质颜色较深（类似于茶色）。这主要是由于，初期的排水可能还有较多的可溶解的有机物，因此会对接纳农田排水的水体造成较大的影响（Leverenz等，2010；Schipper等，2010）。(www.daowen.com)

（2）生物反应器可能引起的不利影响包括可能引起一些厌氧环境下的副产物。当田间排水在生物反应器内停留时间较长时，可能达到会达到很高的硝酸盐去除率，但同时硫化物还原等其他的反应会随即发生，由此可能产生一系列的负面影响。加强对排水的监测和排水口气体气味的监测有可能改善这种副作用。

（3）生物反应器还可能产生的负面影响包括温室气体甲烷、一氧化氮、一氧化二氮等的产生。不过，研究认为温室气体的产生只占到进入系统氮素的较小部分（0.75%）（Mosier等，1998），通过较好的设计、管理可能减小这种不利影响。例如沈梦蔚的研究发现以木屑为碳源的反应器出现了明显的积累，Aslan等在研究充填麦杆的反应器时，在运行的第1天观察到了的积累，但随后逐渐的减少到检测限以下（Aslan等，2004）。