他先在北京礼观政实习，次年以七品官到南京任太常寺博士。一住就是7年。永乐以后，南京是明朝的留都，虽各部衙门俱全，实际上毫无权力，形同虚设，太常寺尤为其中的闲职。

万历十九年（1591），在南京礼部祠祭司主事的任上，官闲志不闲的汤显祖向皇帝上了一篇《论辅臣科臣疏》，直接抨击首辅申时行等朝廷大员，同时也间接批评了登基20年的万历皇帝。这引起了神宗与申时行等人的极大愤怒，遂将汤显祖贬谪到遥远的广东徐闻县任小吏典史。

一年后遇赦，汤显祖被调到偏僻贫穷的浙江遂昌担任知县。他在遂昌任上灭虎清盗、劝学兴教，终于使浙中这块贫瘠之地大为改观，桑麻牛畜都兴旺起来，他也因此成为两浙县令中政声极佳的官员。每逢除夕、元宵，他还令狱中人犯回家团圆或上街观灯。他把只有一万多人的遂昌县当成自己施展政治理想的沃土，可被政敌抓住了把柄，待考核官员的时机一到，他们就出来暗语中伤。(www.daowen.com)

万历二十四年（1596），明朝政府打着矿税的名义在全国各地疯狂地掠刮民脂民膏。次年，朝廷派税使来遂昌扰民。他不堪忍受，决定离开遂昌，并向吏部递了辞呈。因长期等不到回文，他未得批准，就扬长而去，回到家乡。到吏部和都察院以“浮躁”为由正式给他一个罢职闲住的处分时，他弃此敝履已过3年。

为官之时，汤显祖两袖清风，孩子“虽为县长儿，饥寒在身口”；他劝儿子“游闲不是儿家业，大好归来学种田”。历经十余年的蹉跎，好不容易仕途稍有起色，一次“大计”（考察），汤显祖看穿了自己在混浊官场难有作为，干脆退出政治舞台，弃官归家。至此，汤显祖15年的仕途画上了句号。