根据作者对上海市水文总站历年水质监测资料分析，黄浦江、苏州河等主要河道水质自1996年以来虽有所改善，但全市水环境质量仍不容乐观。为真实反映各类河道水质污染状况，作者对全市共布控2903个水质控制断面，控制河长为7334.4km，占全市河道总长的1/3，基本控制了全市镇级以上河道和主要的村级河道。水质监测结果显示，本市河道水质仍以有机污染为主，河道中属Ⅱ类、Ⅲ类、Ⅳ类、Ⅴ类和劣于Ⅴ类的长度分别占控制河道总长的0.1%、0.9%、10.3%、20.1%和68.6%。而且全市村镇管河道污染远较市管和区管河道污染严重。市管河道劣于Ⅴ类的仅占38.3%，而面广量大的村镇管河道76%劣于Ⅴ类。历年《上海市水资源公报》对全市10条主要河道（478.4km）评价结果表明，优于Ⅲ类水质的水体比例一般在5%～10%，进一步说明全市骨干河道因水域较大、流动性较强、水体便于更新，水质优于小水体河道。

上海地区河道水质污染以有机污染物为主。以CODCr最为严重，其次是DO和CODMn，而挥发酚和石油类的污染较轻。从全市整体上看，CODCr、DO为Ⅳ～Ⅴ类水平，CODMn、NH3—N和石油类总体为Ⅲ—Ⅳ类水平，BOD5和挥发酚总体为Ⅱ～Ⅲ类水平。

从不同季节来看，夏季（汛期）市管河道和区（县）管河道的水质明显较冬季（非汛期）差，其中尤以区（县）管河道更为严重。从全市的区域分布来说，基本上呈现由“中心城区—近郊区—远郊区”逐步好转的趋势。黄浦江上游和崇明岛的水质相对较好。(www.daowen.com)

与上述河网水质明显不同的是，长江口水量丰沛，水质良好，但也存在一定的污染趋势。长江口进入段徐六泾水质达到Ⅱ类水质标准，吴淞口下3km、北港水域也基本为Ⅰ类和Ⅱ类水质，但南港水域出现Ⅲ类和Ⅳ类水质，在吴淞口下23km断面也出现Ⅳ类水质的现象。

每年从12月至次年3月枯水期因长江入海水量减少，常出现不同程度的咸潮倒灌，引起长江口和黄浦江下游干流段的氯度增高或超标。咸潮入侵是一种自然污染，对长江口水源地的影响甚大。以氯化物大于250mg/L的天数作为最大不可连续取水天数，对供水水质的可靠性进行分析，一般出现在1～3月较多，北港水域最多月份可出现15天，而南港水域一般较低，最大在11天。