进行细菌的鉴定时，最基本的操作是对细菌进行形态特征的观察。细菌个体微小，且较透明，必须借助染色法使菌体着色，与背景形成鲜明的对比，以便在显微镜下进行细菌形态特征的观察。根据实验鉴定目的不同，可分为不同的染色法。

（1）单染色实验常用于观察细胞的一般形态，革兰氏染色是细菌学中极为重要的鉴别染色法，通过革兰氏染色可将细菌鉴别为革兰氏阳性菌（G+）和革兰氏阴性菌（G-）两大类。

（2）负染色法是指背景着色，从而衬托出不着色的细胞，故又称背景染色法，可以观察相对处于自然状态下的细胞形态。

（3）鞭毛染色：鞭毛的有毛及着生状态是细菌鉴定的重要依据，细菌鞭毛的数目及着生位置因种类不同而有差异。细菌鞭毛呈纤细状，是细菌的运动器官，直径为0.02～0.03μm，在普通光学显微镜下，只能采用特殊的染色方法，不仅要使鞭毛着色，而且还要使染料堆积在鞭毛上，加粗鞭毛的直径。

（4）芽孢染色：芽孢是某些细菌生长到一定阶段形成的，能否形成芽孢以及芽孢的形状、位置和大小等也是细菌分类上的重要依据。细菌芽孢具有不易渗透的厚壁，折光性强，着色、褪色均较困难，用芽孢染色法则可使细胞与芽孢分别呈现不同颜色，便于观察。(www.daowen.com)

（5）抗酸染色法是鉴别分枝杆菌属细菌的重要染色法，分枝杆菌属细菌的细胞壁含有较多的类脂类化合物。这类物质易和石碳酸复红染剂结合，不易为酸性酒精洗脱。

（6）类脂粒染色法：细菌细胞内经常储藏有类脂类物质，如聚β-羟丁酸，一般在C/N高的环境中较易形成。用革兰氏染色不能使这类物质着色，而易被误认为空胞，用脂溶性染料染色，可将其与细胞内的空胞相互区别。

（7）异染颗粒染色：异染颗粒是细菌的储藏物质，主要成分是多聚偏磷酸盐，并随菌龄的增加而变大，易被蓝色染料（如甲烯蓝、甲苯胺蓝等）染色而呈红色，或者呈紫红色，而不是呈蓝色，故称异染颗粒。