大纲对补贴制度有明确规定：充分利用WTO规则，对定额内用水实行水费补贴政策，包括补贴的主体、对象、标准、程序及监督管理等内容。

大纲主张水费补贴的对象为农民，并补贴到个人，称之为直补，这将带来如下问题：

(1)补贴到农民个人，农民是超现实主义者，通过水利工程的供水是商品，水管部门再从农民手里收缴水费，农民很难从感情上转过弯来，势必加剧农民和水管部门的矛盾。

(2)直补的对象是农民个人，是利用水利工程取水而交水费的那部分农民，未利用水利工程取水的那部分农民则可能不是补助对象，农民内部不同群体的矛盾则会加剧。(www.daowen.com)

(3)补贴的方式不外三种：按人头、按灌溉面积(亩)和按用水量。按人头补贴如何体现社会公正？按灌溉面积(亩)补贴如何体现计量用水？和按方计量用水的政策产生矛盾；按用水量补贴将与节水背道而驰，势必造成用得越多，得钱越多。

(4)水费补贴是块肥肉，势必将引起农村现有各利益集团的分割和争夺，真正落实到户时，可能所剩无几，处理不好，将引发、激化各种潜在矛盾，走向和谐社会的反面。

(5)水费直补农民未能配套解决水管部门的生存问题。现有水价偏低，对水管部门而言，仅能维持简单的维修保养，职工待遇低、生计艰难。农民减负后，水管单位何去何从？通过末级渠系的改造，农民实实在在减轻了负担，但水管单位的实际收入也相应减少，使得水管单位的生存面临新的问题，这正是部分地方政府及水管单位在计量用水上观望、犹豫的主要原因。显然伴随农民用水量的减少，水管单位的收入也在减少；新的需水市场形成还有一个过程；还水于自然，满足生态需求，谁来买单，这些问题都需要解决，在此过程中，水管部门其生存面临新的困境。为了解决这一问题，当然水管单位应该深化改革、自身挖潜、减员增效、开辟水市场如新灌区、新用水户、环保供水等，为水管单位的发展开辟新途径；此外，请中央部委考虑制定对水管单位的扶持政策，使水管单位在新形势下，维持正常运转，更好服务于三农。