秦建立了完善的郡县地方行政管理体制，郡县正官以下设置属官或吏，管理水的属官称都水掾和都水长，是县、州(郡)的属官。汉承秦制，都水官称为水衡都尉，位居九卿之末，秩二千石。地方上的水官，仍称都水。西安汉代古城出土的“蜀都水印”，即是实证。1974年都江堰出土的石人，为东汉建宁元年(公元168年)都水掾、都水长所刻，证明在汉代都江堰设有专官行使政府管理都江堰的职能。此外，郡守也要亲自负责水利，如西汉蜀郡守文翁，曾主持穿湔江口，引都江堰水源扩灌繁县农田。

三国蜀汉时设立了都江堰的专门管理机构。《水经·江水注》中记载：“诸葛亮北征，以此堰农本，国之所资，以征丁千二百人主护之，有堰官”。刘禅炎兴元年(263年)，在都江堰渠首地区设立“晏官令”，这一建制一直延续到南朝刘宋时期和萧齐时期。同时三国时期蜀汉政权对都江堰的管理从渠首延伸到灌区重要河道(干渠)，涉及工程管理和成都防洪等方面。章武三年(公元223年)蜀国丞相诸葛亮颁令保护都江堰府河干渠上的一段堤防。据《华阳国志校补图注》记载：“近人于堤下掘得《蜀丞相亮护堤令碑》碑文如下：丞相诸葛令按九里堤捍护都城，用防水患，今修筑浚，告尔居民，勿许修侵占损坏，有犯，治以严法，令即遵行。章武三年九月十五日”。

西晋蜀郡设有蜀渠平水、蜀渠都水行事、水部都督。都水行事、平水这类职官当时分属中央的尚书(中书)省和司农寺，蜀郡所设的这些水官属于这两个管理体系中负责灌区水量分配职责的地方官吏。

隋唐时期，建立的中书、门下、尚书三省为国家的三权分立的政务机构，工部是尚书省的一司，职掌国家水政。形成中央的水官(工部所置)和地方水官(分置于州郡县地方政府)的水利职官体系。隋唐中央仍设五监(司)，是接受三省指令办理各有关事务的部门，其中的都水监则负责水利、桥梁建设和管理。此外，通过御史台官员外派形成对地方水利的稽查机制。都江堰灌区的水行政管理组织体系形成于这一时期，并对后来的继续完善有重要影响。此外，隋唐节度使和里尹等地方官员都要主持都江堰水利工程的维护和扩建。

宋代延续和完善了隋唐时期都江堰的水行政管理体制。《宋史·河渠志》记载：“差宪臣提举，守臣提督，通判提辖。县各置籍，凡堰高下、阔狭、浅深，以至灌溉顷亩，夫役工料及监临官吏，皆注于籍，岁终计效，赏如格”。其中宪臣是御史台的官员，守臣为路一级的地方行政长官，通判为府州属官。宋代都江堰的治堰官吏中，刘熙古、席益是成都知府，韩亿是益州知州，赵不■是成都路转运判官，梁介是彭州知州。此外，由于都江堰的重要作用，皇帝多次颁诏加强都江堰的管理。“政和四年又因臣僚之请，检计修作不能如式以致决坏者，罚亦如之。”“大观二年七月，诏曰：‘蜀江之利，置堰溉田，旱则引灌，涝者疏导，故无水旱。然岁计修堰之费，敷调于民，工作之人，并缘为奸，滨江之民，困于骚动。自今如有敢妄有检计，大为工费，所剩坐赃论，入己准自盗法，许人告’”。(www.daowen.com)

元代曾由郡县和军队共管都江堰，元仁宗延祐七年(1320年)年改由军队独管都江堰，各郡县分管下游各堰，不久又恢复军政共管都江堰。元代都江堰管理的一个重要特点是监察部门直接参与都江堰的管理和建设。元代整治都江堰的重要堰工人物中，李秉彝为陕西按察副使，赵世延为四川肃政廉访使，吉当普为四川肃政廉访司佥事。

明弘治三年(1490年)，四川省按察司设水利佥事专管都江堰工程维修，并行巡灌区监督地方水利。历任水利佥事的有胡光、卢翊、施千祥等人。隆庆元年(1567年)设“四川水利茶盐道”，这是明代在省一级的地方政府中设置的专业部门，管理着地方政府财政赋税。水利茶盐道中水利以都江堰的管理为主，涉及13县水灌溉供水、通航等水费、关费的征集和开支。

清代国家对都江堰的管理通过两个体系实施。一是道、县的二级行政管理。康熙八年(1669年)以松茂成绵道(简称成绵道)兼管水利。成绵道驻茂州(今汶川县)，负责工款的拨付和核销，以及灌区跨行政区的水事纠纷的调节。乾隆二十九年(1764年)又以通省盐茶道(简称盐茶道)兼管水利。嘉庆二十五年(1820年)成绵道移驻成都后，仍由成绵道主管都江堰水利，直到清末。清代至民国都江堰的水管理体制具有流域管理性质的特点。二是设水利专管机构。雍正五年(1727年)成都府在灌县设水利厅，因其行政长官为水利同知，所以又称为水利同知衙门。水利同知衙门专管都江堰工。