确定管理目标的关键是维护河流的生态特性，然而这种生态特性已经不是原始意义上的生态状态，而是偏离原始状态且又在河流系统自我恢复范围内的生态状态。在确定生态目标时，需要考虑以下几个方面：

（1）规定合适的目标。管理目标应是包括一系列不同等级的生态保护目标。这个目标可能是建立在鱼类、植被、水鸟或者其他动物的基础上。或者是针对河流的某种功能，如保护某种物种，保证该物种（如一个关于主要物种的指示）整个生命周期的正常生存，与之相关的如河道结构或河边植物的质量等。保护河流的水生生态状况并非保护河流中所有的生物，而是通过对其关键物种的保护去实现生态稳定。例如，如果要维持河流的生物多样性，关键是识别关键物种，其最可靠的方法是进行去除性实验，即把假想的关键种从系统中去除，然后监测系统内物种组合对去除的反应，但目前还不具备这样的实验条件。对于黄河干流，采用关键性指数比较法［84］，根据各河段生态和气候特点，针对黄河兰州以上、兰州—花园口、花园口—利津等3 个河段计算水生生态系统中各类种群的关键性指数，并比较其大小，确定鱼类为关键性指数。从其生态、土著意义、特有性和濒危程度等角度综合考虑，确定不同河段的重点鱼类保护对象：在兰州以上河段，具有代表性的冷水性土著鱼类——花斑裸鲤的保护系数最高；在兰州—花园口河段，北方铜鱼保护系数最高，保护系数在第二位的是黄河鲤鱼，它是著名的土著鱼种和经济鱼种；在花园口—利津河段，鱽鱼的保护系数最高。保护鱼类的关键是提供适宜的河川径流以保护其主要产卵场、栖息地和洄游通道。

（2）鉴别与生态目标相关的条件（如季节性需求和流量等级、流速变化的需求）。如澳大利亚的Gwydir河，夏末河水流量维持在至少是所有河段中鳟鱼幼苗最合适的可用栖息地的10%，11年的流量确保鳟鱼的最合适产卵地，在3年和4年沿河河流被淹没至少30 天等。所以，一个生态的可接受流量管理方法可以由在一年中不同时段观测的最小可接受流量的一套目标来限定。

（3）生态目标应该包含“可接受”的观念。由于河流系统的自然演变以及人类活动的影响，河流自然生态系统的重建已经不太可能。在大多数情况下，如果要衡量生物依赖的自然环境、物种、密度等的损失是否可以接受，应以过去的经验为基础来决定。因此，对于过度抽取河道水量或采取不当利用方式的河流，改进措施不仅仅涉及到新的流量控制，也涉及到河道管理和生物种群的控制。以对现存的和包括历史记录的水文学、地理学、生态学以及管理信息的全面考察为基础，在获得主要生态目标的同时，还应包括对现在的及未来规划中所有水资源使用者的评估，并要考虑到资源水平恢复或提高的可能。(www.daowen.com)

（4）生态目标的时间变化性。主要的生态目标应该是有时间限定的，如限定于每5年、15年或25年水资源规划的循环。还需要制定有关冲突性价值之间的权衡协调的协议，如全年流量的需求可能与季节性河流的生态价值的冲突。事实上，社会、文化、经济与科学因素很大程度上确定了可接受的生态目标。然而，生态需水的评估是一个重复的过程，可能需要通过对比真正的流量时间系列或持续时间（如历史的、标准的或是改变了的流量）来纠正目标。这样，建立在最佳可接受生态信息基础上的生态需求就有可能与其他使用者相平衡。

一般情况下，为了便于操作，可以将河流管理目标分为普遍的管理目标和特殊的管理目标。普遍的管理目标即维护河流的生态特性；特定的管理目标即根据河流利用情况、价值和受到的威胁而制定。如澳大利亚Gwydir 下游河流，其一般的管理目标是防止某河段生态特性的进一步丧失；特定的管理目标是建立在植被、水鸟或者其他动物的基础上，如：①保护该河段作为水鸟栖息地的价值，尤其关注水鸟繁殖的数量；②减少杂草面积；③维持本地植被的健康；④维持当前的植物分布，尽可能减少在大坝建成后造成的陆栖植物对湿地核心地带入侵的水平。