按照空间尺度可将河流系统从大到小划分为：流域、河流、河区、河段、生态区和微生态区等。其中，微生态环境对干扰最为敏感。生态区被认为是一个由生命、无生命和人类活动等因子决定其组成和发展的空间生态单元。与生态系统相比，生态区是具体的、容易被描画和监控的覆盖在完整景观上的单元。

基于水生态区的河流多层次分类体系的优点在于将不同尺度的河流影响因素进行了层次划分（见图2.6），在不同尺度上对河流进行分区和分类，根据所在的生物地理气候区，根据流域的相关特性，可以对河流系统进行进一步分类，从而将大的区域划分（生态区）与小的微生境尺度相联系，进而使得水生态区的提出和发展不仅仅体现在水环境管理方面，同时也是河流生态学的一个基础理论。

图2.6　基于水生态区的河流生态系统的分类体系及其敏感性

（1）流域。指面积约为几千平方公里的集水区域，能够体现中尺度流域特性对水生态系统的影响，如汇水面积的大小、一些集水网络结构、纵向坡面的坡度和形状、流域的水文特征等，这些决定着河流水生态系统的水量、水化学组成、泥沙的多少以及输送方式等基本特性。

（2）水体类型。主要指河流、湖泊、水库等，湖泊一般为静水生态系统，河流为动水生态系统，水库是介于两者之间的人工水生态系统。在相同的区域和流域条件下，这几种生态系统在水动力学、水文特征等方面表现出显著的差异。(www.daowen.com)

（3）河区。流域是河流流量和沉积物的来源，河道为水的流动和沉积物的输送提供了途径。河道网络可划分为不同的河区，一个河区是在流量上和沉积物数量上没有显著差异的河流区间，一般具有相似的河床形态和水流形式，如上游、中游、下游区等。

（4）河段。指具有相同的河道形态的影响因素，河道形态表现为相同的一段河道，河段也具有相似的河岸带植被类型。

（5）断面。断面形态单元是构成河道形态的基本结构，如水池、边滩、主潮等。

（6）斑块。斑块是水动力学和河底基质条件相同的栖息地区，属于微生境尺度。

从生态区至斑块，水生态系统的易受干扰的程度在逐渐增强，对于人类活动的抵抗力也逐渐减弱，人类活动对其的影响越来越直接。即尺度越小的单元对于损害的恢复需要较短的时间，如河断面形态的变化可以通过河道工程实现，但是生态区尺度的破坏则需要很长的时间才能得以恢复，如流域土地利用方式所造成的水生态系统变化一般需要至少几十年的时间进行恢复。从这个意义上讲，水生态区的保护是其他河流级别保护和恢复的基础，因此，在实行河道生态修复时，必须要首先明确河道生态问题产生的原因以及归属的尺度范围，而这个问题在当前生态恢复中往往被忽略，使得属于水生态区或者流域尺度上人类影响的问题却常常期望通过一些中小尺度上的生态工程实施来解决。另外，中小尺度的生态措施必须要考虑到生态区的背景，例如，在一个高产沙的水生态区或者流域，采用一些河段工程方法来恢复边滩环境，可能会达不到预期的目标，因为输送的高泥沙会造成河道形态的不稳定，使得工程措施难以发挥效果。