尽管酚类物质的氧化和黑色素的形成是PPO发挥其生理活性的重要表现，但对于完整的活体组织，PPO的酶活性究竟有何意义仍不明确。

PPO的亚细胞定位是研究该酶生理机能的必要考虑条件（Mayer and Harel，1979），因此研究者对PPO的定位一直很感兴趣。PPO存在于各种亚细胞结构，如过氧化物酶体、线粒体和微粒体中（Mayer and Harel，1979）。20世纪中期，Amon（1948，1949）通过研究甜菜提出了PPO全部定位于叶绿体的观点，从此以后，许多研究开始关注PPO在质体的位置。相当多的证据表明，位于质体内的植物PPO是一种核编码蛋白（Yoruk and Marshall，2003）。值得注意的是，经腾毒素处理的植株缺乏PPO活性，但在非质体中却产生了PPO的新形式（Vaughn and Lax et al.，1988）。相关研究表明该毒素可以抑制PPO蛋白前体进入质体（Sommer and Ne'Eman et al.，1994）。

有研究表明，PPO的合成发生在细胞质中游离的核糖体上，且融入质体前的PPO是没有活性的。酶蛋白部分去折叠并由分子伴侣稳定化，成为可以迁移至类囊体膜的形态。由核编码的前体蛋白分子量较高，这是由于氨基末端具有一个转运肽序列，可以将前体蛋白导向叶绿体。该信号肽被特定的基质蛋白酶在转移过程中酶解切除，并产生了分子量低的成熟蛋白（Sommer and Ne'Eman et al.，1994）。随着PPO转移到内腔，其氨基端转运肽裂解，PPO首先表现为由一个铜结合位点和一个C末端区形成的双结构域蛋白（Flurkey and Inlow，2008）。羧基端与一个高度灵活的自由肽结构相连接，这一自由肽结构被认为是覆盖于活性位点上，在某些条件下可能发生构象的改变（Dirks-Hofmeister and Singh et al.，2014）。这一观察过程可见于杏、苹果、蚕豆、葡萄、土豆、菠菜、番茄和美洲商陆等多种植物中，PPO蛋白前体和成熟蛋白的分子量分别约为68kD和60kD（Yoruk and Marshall，2003）。

番茄PPO迁移进入类囊体腔分两个步骤（Sommer and Ne'Eman et al.，1994）。第一步，67kDa的前体进入叶绿体基质，通过基质蛋白酶加工成分子量为62kD的蛋白；第二步，基质中形成的中间体被转运到类囊体腔并处理为59kD的成熟蛋白。中间体与成熟蛋白之间的比例取决于物种、成熟度和生长条件（Sommer and Ne'Eman et al.，1994）。PPO的亚细胞定位也有可变性。Arnon最早提出胞内PPO存在于菠菜、甜菜（Beta vulgaris）的叶绿体中（Arnon，1949）。详细的跟踪调查显示，在叶片中，PPO特定地在光系统I和II附近的内腔分布或者松散地附着于类囊体膜上（Mayer and Harel，1979；Sommer and Ne'Eman et al.，1994）。完成PPO定位于叶绿体的这一机制已经被揭示（Sommer and Ne'Eman et al.，1994）。他们证实了这些核编码序列的蛋白为类囊体靶向的特有蛋白，这种靶蛋白可以利用光产生的类囊体的pH值浓度梯度作为能量来源，让基质蛋白的次级产物穿过类囊体膜转运到腔体内，也称为ΔpH途径（Keegstra and Cline，1999）。最新研究发现的，有的PPO缺乏叶绿体靶向序列（Tran and Taylor et al.，2012），也有在细胞质（Nakayama and Yonekura-Sakakibara et al.，2000）和液泡中发现PPO（Ono and Hatayama et al.，2006）。

以往认为PPO紧密结合于类囊体膜，但也有报道称在类囊体腔内也有可溶性PPO（Sommer and Ne'Eman et al.，1994）。在类囊体腔内检测到PPO的催化产物，这说明PPO定位在类囊体膜的内腔表面（Sherman and Vaughn et al.，1991）。由此得出PPO以可溶性形式和膜结合形式共同存在。可溶性形式可能是成熟衰老进程中，膜结合形式PPO脱落的结果（Meyer and Biehl，1981），也可能是与膜结合PPO毫无关联的另一种独立形式。在番茄PPO基因家族内，只有3/7的蛋白具有足够的疏水性可以与膜结合，其余的蛋白均缺乏跨膜结合域（Newman and Eannetta et al.，1993）。(www.daowen.com)

在各类植物中，PPO的酚类氧化作用无疑是其最熟悉的角色。但是，与多数叶绿体定位的PPO相反的是，酚类化合物仅存在于液泡内（Mayer and Harel，1979；Vaughn and Duke，1984）。这些液泡中的物质还包括那些被认为是PPO反应底物的物质。迄今为止，基于酶催化活性或结构的比较，已经确认的PPO潜在底物有花青素、黄烷醇、黄酮、黄酮醇和异黄酮亚类，如类黄酮多酚和水杨酸，还有羟基苯甲酸、羟基肉桂酸亚类，如酚酸（Parveen and Threadgill et al.，2010）。健康完整的植物组织中并没有激烈的氧化褐变反应，这可能是因为液泡的作用物理隔绝了酚类底物与酶的结合。PPO与底物之间被物理性分隔开来，因此PPO和底物之间的相互作用需要破坏细胞分区的结构，比如机械损伤等。植物衰老或组织损伤破坏了酶与酚类底物的接触障碍，多酚氧化酶只有在与酚类底物结合时才具备活性，并开始发挥催化作用。这解释了植物在受到节肢动物和病原体（Li and Steffens，2002；Thipyapong and Hunt et al.，2004）侵害时，PPO所起的作用，即邻醌-蛋白质的交联可以降低组织的营养价值（Felton and Donato et al.，1992；Thipyapong and Hunt et al.，2004），并且，ROS（PPO次级反应物质）可以触发防御反应（Thipyapong and Stout et al.，2007）。然而，这引出一个问题，除了膜完整性破坏以外，在衰老、发育或损伤过程中，是否有其他因素参与影响活性酶的合成、活性酶的表达量以及改变酶的活性水平。

另外，表面上看，这种酶和底物的物理分离具有逻辑性，但是一味地把成熟的PPO蛋白靶向于类囊体腔多少有点浪费能量，因为将PPO靶向于细胞液同样可以使其与液泡底物之间有足够的分隔区。因此，考虑到这种特性在高等植物中是广泛存在的，甚至在检测不到底物的植物中，例如紫苜蓿（Medicago sativa）（Sullivan and Hatfield et al.，2008），也是这样的，PPO这种独特的分区性说明这一定位是有明显优势的。然而PPO在叶绿体中的作用仍不清楚。为使PPO的活性能够在没有破坏的组织结构中发挥作用，这就有可能存在一种方式使酶接近叶绿体中的底物。典型的PPO底物是具有可氧化的羟基群的邻苯二酚（Parveen and Threadgill et al.，2010）。通常认为PPO底物是特定的两种多酚：酚酸和黄酮（Parveen and Threadgill et al.，2010）。虽然有报道酚酸和黄酮存在于叶绿体中（Agati and Matteini et al.，2007；Liu and Gao et al.，2009），但是据相关文献报道，只有儿茶酚是PPO在茶的叶肉组织叶绿体中的底物（Liu and Gao et al.，2009）。证实单酚和邻苯二酚在叶绿体中是PPO的底物，对论证PPO在活体结构中的功能具有重要意义。

对于漆酶而言，一般认定植物漆酶是组成型酶，但目前并未得到验证，同时发育过程中的酶含量水平改变并无追踪研究。把漆酶活性与木质化作用相联系时，漆酶往往接近或位于木质化细胞的细胞壁。在其他组织，如叶或茎组织，除漆树科的树脂道外，均无漆酶的细胞定位或亚细胞定位测定。这也使得有关漆酶功能的基本要素消息匮乏。