真菌从形态学上可分为酵母菌、霉菌和担子菌。根据真菌产生的菌落类型、有无菌丝体、菌丝体的形状、孢子的形成方式和特点等，可将其分为以下4个纲，其主要特性如下。

1）子囊菌纲（Ascomycetes）

真菌中较大的一个纲。除酵母外，其菌丝都很发达，都形成菌丝体。菌丝有横隔，将菌丝分隔成多细胞，如曲霉。其无性繁殖分裂殖、芽殖，或形成分生孢子、节孢子、厚垣孢子等。有性繁殖由两个已分化的形态无区别的雌雄个体融合而成子囊，或融合后形成子囊丝，由子囊丝形成子囊，内生子囊孢子，子囊孢子的数目一般是2n个，典型时为8个。常见种类为酵母、青霉、曲霉等。

2）担子菌纲（Basidiomycetes）

担子菌的特点是有菌丝分隔，属多细胞真菌。有性孢子为担子孢子。本纲中一部分真菌行无性繁殖，产生节孢子、分生孢子和芽生孢子。常见种类为灵芝、蘑菇等。(www.daowen.com)

3）藻状菌纲（Phycomycetes）

藻状菌纲包含1 400多种真菌，其中不少都是重要的植物病原菌。从形态和生态习性看，此纲被认为进化程度低于以后诸纲，故又名低等真菌。常见种类为根霉、毛霉等。

4）半知菌纲（Deuteromycetes）

本纲的菌类，在其生活史中，还只知道无性繁殖阶段，有性阶段还不明了。大多为子囊菌的无性阶段，少数为担子菌的无性阶段。能使人和动物致病的真菌多属此纲，如皮霉、念珠菌等。